Friday, December 30, 2011

キラーソフト

IE環境がどうしても必要で再インストールしたWindowsXP、実は今日で用済み。しかし、折角、手間隙かけて整えた環境だ。このまま埋もれさせるのももったいない。WindowsXPでなければできない何かをと考えて見つけた答えが、「天頂の囲碁3」である。エンジンは、世界最強の日本人開発のZen、残念ながらオープンソースではなく、製品版もWindows版のみだ。そう言えば、原 尞のハードボイルド長編シリーズの主人公である私立探偵沢崎は、大竹英雄の棋書を寝る前に紐解いていた。私もそれに習い、雪でランニングできなくなった夜長を、Windowsを碁敵として過ごすこととしよう。XPの寿命と私の上達のどちらが先か、楽しみである。

Wednesday, December 28, 2011

NEJM Audio Summary - Dec 22, 2011

Excerpted Script
"The Emperor of All Maladies — The Beginning of the Beginning"
A perspective article by Robert Schwartz from Tufts Medical Center, Boston.
 In his Pulitzer Prize–winning book, Siddhartha Mukherjee explores the twists and turns, successes and failures, and hopes and despairs that led to our understanding of cancer's biology and its treatment, up to the point of the development of imatinib. A high point of this surge on oncology occurred in the late 1990s, when Brian Druker and Nicholas Lydon developed a new kind of drug for treating chronic myelogenous leukemia (CML). The novelty of this compound, imatinib (Gleevec) is its ability to interfere specifically with the out-of-control tyrosine kinase that causes CML.  Imatinib's specificity and clinical effectiveness raised hopes that oncology had at last found a magic bullet. “Targeted treatment” became the shibboleth of the pharmaceutical industry, spurring on a multibillion-dollar search for targets in other cancers.  But the research direction set by imatinib has yielded few useful drugs. In contrast with the single causal genetic change in CML, multiple complex genetic abnormalities are the rule in most neoplasms.  Other new approaches to discovering molecular targets in cancer cells, based on astute exploitation of the molecular biology of certain cancers, show promise.
今年、CNNNYTには、「40年戦争」なる言葉が踊った。1971 年12月、ニクソン大統領はNational Cancer Actに署名し、米国は「がんとの戦争(War on Cancer)」と形容される国をあげてのがん征圧のための戦いを開始し、40年が経過したことによる。そんなタイミングでピューリッツァー賞を受賞したSiddhartha Mukherjee医師の著作に関する寸評。

Monday, December 26, 2011

Windows XPにインストールした15のソフト

プライベートのPC環境は、Windowsと2007年2月6日に ¡Hasta la vista! していた。以来初めて、どうしてもInternet Explorerが必要な状況に遭遇して、空いたノートPCにWindows XPを再インストールする羽目になった。5年近くの歳月をおいて焼けぼっくいに火が付いた形だが、そのサポートは2014年4月8日の花祭りまでと決まっているらしい。あと833日を数えるだけだ。普通プリインストールしてあるから気づかないが、再インストールするとなると、ドライバ関連などの再構築は結構たいへん。むしろUbuntuなどのLinuxディストリビューションほうが簡単なくらいだ。友人に手伝ってもらいやっとのことOSをインストールして、下のソフトをインストールした次第。
  1. Internet Explorer 8:標準ブラウザ。これが本来の目的。
  2. Microsoft Office 2003:オフィス・スィート。未だにパワーポイント形式でとかいう学会が多いので、念のため。
  3. Microsoft Security Essentials:マイクロソフト謹製のセキュリティソフト。
  4. Intelli Pointソフトウェア:マウスのドライバ。
  5. Microsoft Silverlight:よく分からないが、上記をインストールするときにマウスのホームページを訪れたら、インストールするよう言われた。
  6. Google Chrome:オータナティブ・ブラウザ
  7. Google日本語入力:MacOS、Ubuntu、Android携帯、すべてこれ。
  8. iTunes:Google Musicとか、Ubuntu One Musicの出現で利用機会は減ってきたけど、念のため。
  9. R + EZR:統計環境と自治医科大学血液内科有志のGUI。EZRは最近バージョンアップがあったようです。
  10. Gephi + Java環境:ネットワークグラフ描画ソフト。Java環境が必要。
  11. Adobe Air:最近使わなくなったが、念のため。
  12. Dropbox:クラウドとローカルにファイルを保存し同期してくれる。従って複数のPCで使うと自動的に複数のPCのファイルの同期ができる。
  13. Ubuntu One:Canonical社が提供するDropboxのようなもの。写真や音楽に関しては、Android携帯との連携が便利。
  14. Mendeley:文献管理ソフト
  15. Wubi:WindowsにUbuntu環境を容易に併存させるためのユーティリティ。

Wednesday, December 21, 2011

NEJM Audio Summary - Dec 15, 2011

Excerpted Script
21:22 | "Dealing with Uncertainty in a Time of Plenty", a perspective article by Ranjana Srivastava, from Monash Medical Centre, Melbourne, Victoria, Australia.
 It's the newest trend in medicine: “patient-centered care.” Cynically, the author thinks, “Isn't that what being a doctor has always been about?” But her curiosity brings her to a workshop, where two patients describe their experience of illness insightfully.  One patient has a 10-year history of prostate cancer, during which he's seen 12 experts.  “If you had told me at the start of my illness that more experts led to more confusion, I would have laughed. But now I get it. How can anyone reassure me about my health when they can't agree themselves?”  An audience member springs up.  An oncologist in his late 50s, he speaks with the kind of authority that can silence a room: “But your doctors don't agree because the data are not clear. It isn't their fault — do you understand that?”  “I understand that you can't make up an answer where there is none,” the patient responds, “but it's the way you say it that counts. I think you'd find that a lot of patients can deal with uncertainty, provided it's explained properly.”  ”But I can't give you reassurance if I'm not reassured myself!” protests the oncologist.  Troubled by the uncertainties in clinical practice, patients seek reassurance that doctors will work alongside them even in times of private doubt. How can we educate patients about what we know but avoid displaying hopelessness when we don't know?
寄稿者、Dr Ranjana Srivastavaのホームページによると、オーストラリアでOncologistをなさっているらしい。"tell me the truth"という患者との生死について語り合うことに関する著作があるようだが、アマゾンからは入手できないようだ。俯瞰記事自体は、告知の問題というよりはリスクコミュニケーションの問題なので、リスコミに関する岩田先生の本のリンクを貼っておいた。リスコミに関しては、少し古いが、US Environmental Protection Agencyによる"Seven Cardinal Rules of Risk Communication"にも要領よく纏まっている。

Tuesday, December 20, 2011

北韓重大危局

中国語字幕を見ながら久しぶりに顔見せした李春姫アナウンサーの朝鮮語を聴いてると、漢字が極東におけるラテン語であることが分かるような気がする。それにしてもハングルは老眼の目には辛い。朝鮮半島の方々は他国の人に比べ早くに新聞が読めなくなるのではなかろうか?




우리의 전체 당원들과 인민군장병들과 인민들,조선로동당 중앙위원회와 조선로동당 중앙군사위원회,조선민주주의인민공화국 국방위원회와 최고인민회의 상임위원회,내각은 조선로동당 총비서이시며 조선민주주의인민공화국 국방위원회 위원장이시며 조선인민군 최고사령관이신 위대한 령도자 김정일동지-께서 주체100(2011)년 12월 17일 8시 30분에 현지지도의 길에서 급병으로 서거하시였다는것을 가장 비통한 심정으로 알린다.


주체혁명위업의 계승완성을 위하여 한평생을 바쳐오시였으며 사회주의조국의 강성번영과 인민의 행복을 위하여,나라의 통일과 세계의 자주화를 위하여 불철주야 정력적으로 활동하시던 우리의 위대한 김정일동지-께서 너무도 갑자기,너무도 애석하게 우리곁을 떠나시였다.


われらの全体党員達と人民軍将兵達と人民達、朝鮮労働党中央委員会と朝鮮労働党中央軍事委員会朝鮮民主主義人民共和国国防委員会と最高人民会議常任委員会内閣は、朝鮮労働党総書記であられ、朝鮮民主主義人民共和国国防委員会委員長であり、朝鮮人民軍最高司令官である偉大な領導者金正日同志主体100(2011)12月17日8時30分に現地指導道で急病により逝去したことを、いちばん悲痛な心情知らせる。


主体革命偉業継承完成の為に一平生を捧げて来られ、社会主義祖国強盛繁栄と人民幸福の為に国の統一と世界自主化の為に不撤昼夜精力的に活動なさったわれら偉大な金正日同志あまりにも突然にあまりにも哀惜われらのもとからお去りになった

Monday, December 19, 2011

Googleのイースターエッグの5つ

1-4の語(群)をGoogleで検索してみると、ちょっとハッピーになれます。
  1. Let it snow:今、旬なイースターエッグ。雪にお絵かきも出来ます。
  2. do a barrel roll:何も起こらなかったら、もう1回サーチボタンをクリックしてみて。
  3. tilt:「8時だよ、全員集合」を彷彿とさせます。”crooked”、”askew”、”斜め”、で検索しても同じになります。
  4. 人生、宇宙、すべての答え:Google先生は何にでも答えをくれます。
  5. パックマン:1-4とは違い、パックマン誕生30周年記念期間限定ロゴだったもの。人気が高く、恒久化されたそうです。

Friday, December 16, 2011

医師のためのGoogle Readerの使い方10のコツ


1. ブックマークバーにブックマークレットを配置する。ブックマークレットとは、一行のJavaScriptで書かれた汎用性のある小さなプログラムのことを言い、ブックマークバーにドラッグするだけでインストールできる。しかし、サービス公式のブックマークレットは、なぜか分かりづらいところに置いてあるので探すのに難渋する。ブックマークを環境に依らず共有しつつ、特定のブラウザにロックインされることを嫌うならば、ブックマークはブラウザのものでなく、Google Bookmarksなどオンラインサービスを使うのが良い。
例)オンラインサービスの利用に役立つブックマークレット
  • 登録...:見てるサイトのフィードをGoogle Readerに登録するブックマークレット。「設定」の「追加機能」にある。
  • Share on Twitter:今見てるページをtwitterでつぶやくブックマークレット。
  • Blog this!:今見てるページをBloggerに投稿するブックマークレット。
  • Import to Mendeley:PubMedなど対応サイトで表示させている文献をMendeleyに登録するブックマークレット。
  • Clip to Evernote:今見てるページをEvernoteにクリップするブックマークレット。一番下にあるので要注意。
  • Googleブックマーク:今みてるページをGoogleブックマークに登録するブックマークレット。
2. 医学雑誌のフィードを取得する。文献管理サービスMendeleyへの取り込みを考慮すると、PubMedで雑誌の新着情報を取得するとよい。下記のフィードは新規20件に絞っているので取りこぼしがあるかもしれない。新規50件でフィードを作り直したり、さらにYahoo Pipesをかませたり、工夫の余地はある。面倒であれば、各雑誌のサイトからフィードを取得してもよい。それぞれを併記しておく。
例) 世界五大医学雑誌の新着記事のフィード
3. Google Newsのフィードを取得する。日本版だけフィードの配信が明示的になっていない。おそらく了見の狭い新聞社などの抵抗の為だと思われるが、下記のURLを参考にしてURLを組み立てて、登録する。
例)Google Newsのハイライトと「インフルエンザ」で検索したフィード
4. Twitterのフィードを取得する。Twitterでフォロワーが増えるととても全部には目を通せない。見落としたくないフォロワーがいれば、フィードを登録しておくと便利。フィードの配信が明示的になっていないので、下記のURLを参考にしてURLを組み立てて、登録する。
例)世界五大医学雑誌と「インフルエンザ」のつぶやき
5. "Listen Subscriptions"フォルダを作成し、ポッドキャストを購読。これだけでAndroidのGoogle謹製ソフト"Listen"と同期し、Androidフォンで聴けるようになります。Free Medical Podcastsに厳選された医学関連podcastのリンクがあります。ドイツ語が分かれば、DMWでもポッドキャストを配信していますし、American Association of Respiratory Careでは、英語の他に中国語、スペイン語でも配信されています。
例)
6. 送信先をカスタマイズする。Blogger、Twitterにチェックを入れ、 カスタムリンクの作成で下記の項目を入力し、保存する。
Google Bookmarks
  • 名前:Google Bookmarks
  • URL:http://www.google.com/bookmarks/mark?op=edit&output=popup&bkmk=${url}&title=${title}
  • アイコンのURL:http://www.google.com/favicon.ico
Evernote
  • 名前:Evernote
  • URL:http://s.evernote.com/grclip?url=${url}&title=${title}
  • アイコンのURL:http://www.evernote.com/favicon.ico
Mendeley
  • 名前:Mendeley
  • URL:http://www.mendeley.com/import/?url=${url}
  • アイコンのURL:http://www.plosone.org/images/icon_mendeley_16x16.gif
7. スターを付けて保留し、その日のうちにスター付きアイテムをゼロにする。まずは、右コラムを隠し(u)、全画面表示にして(f)、「すべてのアイテム」(g then a)でタイトルを流し読みして、読むものにスターを付け(s)、すべてを既読(shift + a)にする。次に「スター付きアイテム」(g then s)で読んでいき、Evernote、Mendeley、Twitter、Blogger、Google Bookmarksにトリアージ(shift + t)していく。

8. 週次レビュー:週に1回はインプットを振り返る。トレンド(g then shift + t)やピックアップ(g then p)を見て、登録フィードを見直す。タグを自分の目標としておくと無用なフィード購読を避けることが出来る。

9. 月次レビュー:月に1回はアウトプットを振り返る。自分のブログの投稿、Twitterでのつぶやき、ブックマークの整理など。

10. キーボードショートカットを覚えると機敏に操作できるようになる。なかなか覚えられない場合には、壁紙にしてしまうのも一案。


おまけ:新たにGoogle Readerを始める方は、フィードの登録が一番面倒な作業になると思います。そこで上記で紹介したフィードに厚生労働省、日本医師会、医学界新聞など有用と思われるフィードをバンドルした"FEEDS4JAP_DOC"を作成しました。登録して、カスタマイズする雛形にしてください。

Wednesday, December 14, 2011

運動誘発性アナフィラキシーに関する5つのリンク



最近、蕁麻疹の患者さんが多いので関連してFDEIAについてリンクをメモしておく。
φ(´・ω・`)
  1. 食物依存性運動誘発性アナフィラキシー Wikipedia
  2. 食物依存性運動誘発アナフィラキシーとは? All About
  3. 運動誘発性アナフィラキシーショック(経験者の意見求む)OK Wave
  4. 小麦依存性運動誘発アナフィラキシーの話「六号通り診療所所長のブログ」
  5. 食物依存性運動誘発アナフィラキシー:FDEIA「内科開業医のお勉強日記」

NEJM Audio Summary - Dec 8, 2011

Excerpted Script
17'13" | "Discussing Overall Prognosis with the Very Elderly",
a perspective article by Alexander Smith, from University of California, San Francisco. Though life expectancy inexorably decreases with advancing age, we tend to avoid discussing overall prognosis with elderly patients who have no dominant terminal illness. But we may thereby undercut patients' ability to make informed choices about their future. To improve the quality of decision making for the very old, the authors believe we should radically alter the paradigm of clinician–patient communication: offering to discuss overall prognosis with very elderly patients should be the norm, not the exception. The authors suggest that clinicians should routinely offer to discuss the overall prognosis for elderly patients with a life expectancy of less than 10 years, or at least by the time a patient reaches 85 years of age. Since the harms of many health interventions are immediate whereas the benefits of preventive interventions may accrue slowly over time, clinical priorities should and do vary with life expectancy. For patients with a life expectancy of more than 10 years, cancer screening, intensive blood-pressure management, and tight control of glycated hemoglobin levels will have high priority, whereas for patients with a shorter life expectancy, priority might be given to reducing the pill burden and engaging in advance care planning.
18'48" | "Learning about the Safety of Drugs — A Half-Century of Evolution", a perspective article by J. Avorn from Brigham and Women's Hospital, Boston. Fifty years ago, a constellation of events transformed the way we think about drug safety. Frances Kelsey, a new medical review officer at the FDA, was working on her first assignment: approving a sleeping aid called Kevadon. It was widely used in Europe, and the company seeking a U.S. license expected quick approval by an agency that rarely said no to anything. But Kelsey noted that the manufacturer's animal safety data were scanty and inconclusive, the clinical evidence was superficial, and there was no assessment of long-term risk. Meanwhile, a strange epidemic was unfolding in Europe. Babies were being born in unprecedented numbers with severe limb-reduction defects, their hands or feet emerging directly from their torsos. During its years on the market, thalidomide with more than 60 different trade names is believed to have caused limb-reduction defects in more than 10,000 children worldwide. Kelsey kept thalidomide off the U.S. market, sparing Americans an epidemic of limb-reduction birth defects. Fifty years later, we are still trying to learn how best to regulate, prescribe, and monitor the use of medications in ways that maximize their benefit while reducing the likelihood and severity of adverse effects. One current example is an immunomodulatory agent that has shown great promise for treating both leprosy and multiple myeloma — thalidomide.
460 words / 200 sec = 138 wpm
今回のスクリプト抜粋の後半は、映画「典子は、今」でも有名なサリドマイド禍について。
上掲書にも詳しく解説されているが、ドイツの小児科医Lenzの警告1によりグリュネンタール社が製品の回収するに至る。日本では、ドイツでの回収開始から294日後に回収が開始した。アメリカでは1960年9月に販売許可の申請があったがFDAの審査官フランシス・ケルシーがその安全性に疑問を抱き審査継続を行ったため、治験段階で数名の被害者を出しただけだった。1962年にケルシーはケネディ大統領から表彰されている。現在ではその血管新生抑制の作用を利用して、ハンセン病、エイズ、癌、糖尿病性網膜症などへの治療に応用されるようになってきている。
1) Lenz W. Kindliche Mißbildungen nach Medikamenten-Einnahme während der Gravidität? Dtsch Med Wochenschr 1961;86:2555-2555


Saturday, December 10, 2011

Chromeでハイライト&ドラッグで検索する拡張機能

Drag-N-Goという拡張機能。ドラッグの上下方向とCtrlキーとの組み合わせで4つのエンジンを切り替えられる。デフォルトで設定できるのが、Google、Bing、Yahoo、Wikipedia、YouTube、Flickr。その他のサービスを使うときは、Customを選択し、例えば、News検索にRitlweb "http://news.ritlweb.com/search/" を、単純なSearchにはDuck Duck Do "http://duckduckgo.com/?q=" を、English辞書に英辞郎 "http://eow.alc.co.jp/" をWikipediaは日本語版 "http://ja.wikipedia.org/wiki/" を使うには、それぞれ""内の文字列をペーストしてやるといい。

Wednesday, December 7, 2011

NEJM Audio Summary - Dec 1, 2011

Excerpted Script
15'41" | "The Four Habits of High-Value Health Care Organizations", a prospective article by Richard Bohmer, from Harvard Business School, Boston. Health care organizations considered among the nation's highest performers often have unique personalities, structures, resources, and local environments. Yet they often have remarkably similar approaches to care management, common habits that may be transferrable. The first common habit is specification and planning. To an unusual extent, these organizations specify decisions and activities in advance. Specification also applies to separating heterogeneous patient populations into clinically meaningful subgroups. A second common habit is infrastructure design. High-value health care organizations deliberately design microsystems — including staff, information and clinical technology, physical space, business processes, and policies and procedures that support patient care — to match their defined subpopulations and pathways. The third habit is measurement and oversight. High-value organizations primarily use measurement for internal process control and performance management. The fourth and final habit is self-study. Beyond ensuring that their clinical practices are consistent with the most recent science, these organizations also examine positive and negative deviance in their own care and outcomes, seeking new insights and better outcomes for their patients.
191 words / 96 sec = 119 wpm
スティーブン・R・コヴィーによる自己啓発本「7つの習慣」("The 7 Habits of Highly Effective People")をパロったと思われる俯瞰記事です。寄稿者、リチャード ボーマー医師は、ハーバード ビジネス スクールの教授であり、"Designing Care: Aligning The Nature and Management of Health Care "という本を著し、ウォール ストリート ジャーナル紙に応えて、医療が単独の開業医モデルから「チームベースのスポーツ」に進化した主張しています。以前にもNEJMに、"The Shifting Mission of Health Care Delivery Organizations"という記事を寄せております。単純化すると、病院は一層他業界の如く企業化を推し進めるべきという意見のようですが、正直、時代の流れからは、ワンテンポ遅れており、一橋大学の猪飼周平の「病院の世紀の理論 」のほうが、的を得ているように思います。

蛇足ながら、本家の7つの習慣は、下記の通り。
  1. Be Proactive
  2. Begin with the End in Mind
  3. Put First Things First
  4. Think Win/Win
  5. Seek First to Understand, Then to Be Understood
  6. Synergize
  7. Sharpen the Saw

Tuesday, December 6, 2011

【本】 看取りの医者

12月12日のTBS月曜ゴールデンで放映される「看取りの医者 バイク母さんの往診日誌」の原作である。原作者が大学時代の同級生ということは抜きにしても、医療関係者以外に広く読まれて欲しい一冊である。在宅診療に関わったことのある医療従事者ならば、思わず頷いてしまうケースが紹介され、最終章で著者が導く結論は簡単、「自宅で死のうよ」ということである。患者さんにアンケートを採ると、6割の方は在宅死を希望しているのに、90%近くの方が病院死を迎える現状を憂えて、優しい提言をしているものと推察する。この提言に対し、親をどうするか、配偶者をどうするか、自分はどうするか、再度、一人一人が考えたい。

日本の死亡者数の推移を俯瞰すると、死亡件数において病院死が在宅死を超えたのは、1976年のことで、同年の全死亡者数は70万人程度であった。「およげ!たいやきくん」、「ペッパー警部」、「あの日にかえりたい」、「俺たちの旅」、「なごり雪」などの歌謡曲が流れ、漫画では週刊少年チャンピオンの全盛で「ドカベン」、「ブラックジャック」、「エコエコアザラク」、「がきデカ」、「カリュウド」などが連載されていた時代の話である。以後、日本の高齢化は進み、現在は、年間120万人の方が亡くなっている。この事態に対し、前半は病床数の増加、後半は在院日数の短縮などで対応してきたが、報道からも窺えるように、病院の疲弊・破綻、医療費の高騰など綻びが生じてきている。それでもなお、死亡者数がピークを迎えるのはまだ先の2038年で、年間170万人という予測がなされているのである。現実は、厳しく、否応なく「病院では死ねない」時代はやって来る。

みなが一様に貧しい時代があったが、経済成長を通じて、一時期、普通の日本人は、一億総中流で、巨人ファンで自民党支持になるという幻想を共有した。その頃、女性は、24歳で結婚のあてがないと、クリスマスイブと称して焦ったりもした時代だった。しかし、もはや、自民党は与党ではなく、野球の応援チームも結婚の時期も多様化している。死に様が、多様化する時代も、遠くはない気もしている。

Monday, December 5, 2011

LinuxMint 12にUbuntu Oneをインストール

Ubuntu Oneの存在は知ってはいたが、プラットフォームを選ばないDropboxに一日の長があり、放置していた。この度、Android携帯を買い換え、携帯でもUbuntu Oneのサービスが利用できることがわかった。早速、母艦のLinux Mint 12にもインストールしようしたが、Synapticパッケージマネージャからのインストールでは失敗してしまう。端末から下記のコマンドを叩いてインストールに成功したので、メモしておく。
sudo add-apt-repository ppa:ubuntuone/beta
sudo apt-get update
sudo apt-get install ubuntuone-client-gnome
sudo apt-get install xul-ext-bindwood
sudo apt-get install ubuntuone-control-panel

Saturday, December 3, 2011

Galaxy Nexusにインストールした10のアプリ

初代Google携帯をカスタムROMをインストールして使っていたが、Android 4.0搭載のGalaxy Nexusの発売を機に買い換えた。アプリはパソコン上のAndroid Marketでインストールが簡単なので、ついつい入れすぎてしまう。アイコンを重ねることでフォルダを作成してくれるのは、非常に良い改良点だ。あともう1つ、右のようなスクリーンショットが簡単に取れるようになったのもクールだ。
 購入して24時間以内に入れたアプリのうち、厳選して10個下に挙げておく。
  1. Listen: Google ReaderのListen Subscriptionsに登録してあるポッドキャストを聴くことができます。NEJMなどのポッドキャストを購読して、"Autoイヤホン"でこのアプリを設定しておけば、YouTubeなどに無為な時間を費やす機会が減らせるかも。
  2. ChromeMarks Lite: パソコンでブラウザにChromeを使っていれば、そのブックマークにアクセスできる。利用サービスに合わせて、"Andricious"とか"GoMarks for Google Bookmarks"とか使い分けたらよいでしょう。
  3. GTasks: GmailのTasksにアクセスできる。個人的には過不足ないので愛用しているTo Doリスト。Androidの話から逸れるが、なぜかMacOS X上のChromeでは、項目の詳細設定の">"のリンクが効かないので、設定とリストの行き来には"Shift+Enter"というキーボードショートカットを覚えておくとよい。
  4. Droideley: 文献管理のサービスMendeleyにアクセスできる。Mendeley/PLoS API Binary Battleで最終選考に残ったソフトです。
  5. Dropbox: Dropboxにアクセスできる。自分は、性質は異なるのですが、Evernoteよりもこちらが好きです。ひとつはプラットフォームを選ばないこと、パソコンのローカルにもデータを置いてくれること、音楽もおいて置けることが、その理由です。Ubuntu Oneを利用していれば、"Ubuntu One Files"とか"Ubuntu One Music"とかを使うのもありですね。
  6. NHKネットラジオ: 結構NHKのラジオ放送は好きなので嬉しい。録音機能とかもついてくれれば嬉しいが、無理でしょうね。
  7. GOdroid: エンジンがGnuGoの囲碁ソフト。結構強い。
  8. イヤホンリモコン: イヤホンのボタンで音楽プレーヤを操作できるようになる。
  9. Graffiti for Android: 電子手帳で最初に使ったのが、Palm m505でしたので、携帯打ちよりGraffitiのほうがしっくり来るのです。私にとっては、iPhoneに対するキラーアプリの1つであります。
  10. Johns Hopkins ABX Guide: 今回インストールした唯一の有料ソフト。Johns Hopkins大学病院作成の抗菌薬マニュアル。"ちょっと値は張りますが、"Merck Manual Suite + Drugs"とか、"Harrison's Manual of Medicine"とかもあります。

Wednesday, November 30, 2011

NEJM Audio Summary - Nov 24, 2011


Excerpted Script
"Comparative Effectiveness of Weight-Loss Interventions in Clinical Practice" by Lawrence Appel from Johns Hopkins University, Baltimore, Maryland. This trial showed that two types of behavioral interventions, one based on remote, call-center support and the other on in-person support, resulted in significant weight loss among obese patients.  At baseline, the mean body-mass index for all participants was 36.6, and the mean weight was 103.8 kg. At 24 months, the mean change in weight from baseline was −0.8 kg in the control group, −4.6 kg in the group receiving remote support only, and −5.1 kg in the group receiving in-person support. The percentage of participants who lost 5% or more of their initial weight was 18.8% in the control group, 38.2% in the group receiving remote support only, and 41.4% in the group receiving in-person support. In two behavioral interventions, one delivered with in-person support and the other delivered remotely, without face-to-face contact between participants and weight-loss coaches, obese patients achieved and sustained clinically significant weight loss over a period of 24 months.
"A Two-Year Randomized Trial of Obesity Treatment in Primary Care Practice" by Thomas Wadden, from the University of Pennsylvania, Philadelphia. This trial compared three weight-loss interventions (usual care, brief lifestyle counseling, and enhanced brief lifestyle counseling) in primary care practice. Of the 390 participants, 86% completed the 2-year trial, at which time, the mean weight loss with usual care, brief lifestyle counseling, and enhanced brief lifestyle counseling was 1.7, 2.9, and 4.6 kg, respectively. Initial weight decreased at least 5% in 21.5%, 26.0%, and 34.9% of the participants in the three groups, respectively. Enhanced lifestyle counseling was superior to usual care on both these measures of success, with no other significant differences among the groups. The benefits of enhanced lifestyle counseling remained even after participants given the weight loss medication, sibutramine were excluded from the analyses. Enhanced weight-loss counseling helps about one third of obese patients achieve long-term, clinically meaningful weight loss. In editorial Susan Yanovski, from National Institute of Health, Bethesda, Maryland, writes that both these studies provide evidence that PCPs can deliver safe and effective weight-loss interventions in primary care settings. Whether patients would be willing to pay for these therapies, or insurers would be willing to reimburse for them, is not known. Some patients will require additional treatments such as medications or bariatric surgery as an adjunct to, but not a replacement for, lifestyle interventions. Continued research on ways to enhance patients' adherence to long-term lifestyle changes should improve the reach and effectiveness of behavioral treatments for obesity in primary care settings. (457 words /214 sec = 128 wpm)

Monday, November 28, 2011

LinuxMint 12 "Lisa" にインストールした12のソフト

LinuxMint 12 "Lisa"をインストールして環境整備が整ったので、その感想と忘備録を記しておく。ubuntuのunityのインターフェイスは世界的に不評を買ったらしく、DistroWatchでも、ランキング首位をLinuxMintに譲ってしまった。そのLinuxMintが新しいバージョンをリリースしたのを機会にちょっと浮気心を出してしまったわけだ。結論から言うと、「見目麗しいが痛い目に合う」ってこと。Gnome3とMintMenuの共存で使いやすくなっているわけだが、日本語環境の不備をGoogleで調べながら解決する手間を惜しむ方は手を出さないほうが良さそう。まずは、インストール画面で日本語を選ばせながら、インストール後設定をしなければ、日本語入力ができないというのには、愕然。ソフトに拘りがない人は、DVD版をインストールすれば、ひと通りメジャーなソフトは入っているので弄る必要はないのだが、拘りのソフトを入れようとすると、コマンドを叩く必要が出てくる。日本語周りが不安定なようで、一時、豆腐になってしまった場面にも出くわした。なんやかんや下のソフトの環境を整えるのに丸一日を費やしてしまった。
  1. Google Chrome: ソフトウェアの管理でインストールできる。
  2. mozc: Google日本語入力。これもソフトウェアの管理からインストール。
  3. Dropbox: ソフトウェアの管理からインストール。
  4. PlayItSlowly + gPodder: いずれもソフトウェアの管理からインストール。連携には、gPodderの設定に"playitslowly %f"と入れておく
  5. Mendeley: debファイルをダウンロードして、ダウンロードフォルダを開き、右クリックで「端末の中に開く」を選択、"sudo dpkg -i mendeley...."のオマジナイ。
  6. R + RStudio + EZR on R Commander: Rは、ソフトウェアの管理からインストール。RStudioは、上記Mendeleyと同じ要領で。EZR on R Commanderは本来Win/Mac向けで、別記事で書いておいたほうがいいのかもしれない。簡単に述べると、Macと同じ手順を踏んで、EZRsetupOSX.zipを解凍してできるpkgファイルをunpkgで展開したもののうち、Rcmdr-menus.txt、StatMedOSX.R、Rcmdr.moの3つのファイルを適当に配置したら、起動しました!
  7. Gephi + Sun-java-6-jre: Gephiは0.8βから日本語に対応しましたが、インストール直後は、全て豆腐。一時は、諦めて英語で使うことにしようかと日和りましたが、自分が訳した責任もあるので、長時間格闘しました。Java環境が原因と気づくのにしばらくかかり、こちらを大いに参考にさせて頂きました。
  8. Quarry + GnuGo: デフォルトではゲームが入ってないのが、LinuxMintの隠れた美点。ちょっと一区切りに始めたソリティアに嵌ってしまうこともありません。しかし、全くお遊びがないのも寂しいので囲碁環境をと。原りょう氏の沢崎シリーズの主人公のごとく、大竹美学の片鱗に触れましょうか。
  9. AdobeAir + プリントマジック: ここ数年、年賀状は、この環境で作成してきた。公式にLinux版の開発中止が発表されたが、次のリンクでまだダウンロードできる模様。今年で最後かな。 http://airdownload.adobe.com/air/lin/download/2.6/adobeair.deb
  10. MuseScore: 無料の WYSIWYG 楽譜作成ソフトウェアです。作曲を嗜むわけではありませんが、サイトからいろんな曲の楽譜をダウンロードして演奏させると楽しいです。ソフトウェアの管理でインストールできる。
  11. Evolution: 知らないうちにGmailやGoogleカレンダーとの相性が良くなっていたようで、ソフトウェアの管理でインストール。
  12. zsh: "sudo apt-get install zsh"でインストール。「漢のzsh

Saturday, November 19, 2011

NEJM Audio Summary - Nov 17, 2011


Excerpted Script
"Childhood Adiposity, Adult Adiposity, and Cardiovascular Risk Factors"
by Markus Juonala from University of Turku, Turku University Hospital, Finland.
In four prospective cohort studies, obese adults who were overweight or obese in childhood had increased rates of cardiovascular risk factors. Subjects with consistently high adiposity status from childhood to adulthood, as compared with persons who had a normal BMI as children and were nonobese as adults, had an increased risk of type 2 diabetes (relative risk, 5.4), hypertension (relative risk, 2.7), elevated low-density lipoprotein cholesterol levels (relative risk, 1.8), reduced high-density lipoprotein cholesterol levels (relative risk, 2.1), elevated triglyceride levels (relative risk, 3.0), and carotid-artery atherosclerosis (increased intima–media thickness of the carotid artery) (relative risk, 1.7) . Persons who were overweight or obese during childhood but were nonobese as adults had risks of the outcomes that were similar to those of persons who had a normal BMI consistently from childhood to adulthood. Overweight or obese children who were obese as adults had increased risks of type 2 diabetes, hypertension, dyslipidemia, and carotid-artery atherosclerosis. The risks of these outcomes among overweight or obese children who became nonobese by adulthood were similar to those among persons who were never obese.
Albert Rocchini, from  C.S. Mott Children's Hospital, Ann Arbor, Michigan, writes in editorials, that the authors found that, over an interval of almost 25 years, only 15% of subjects who were of normal weight as children were obese as adults, whereas 65% of those who were overweight or obese as children and 82% of those who were obese as children were obese as adults. These figures suggest that targeting interventions for obesity prevention and treatment specifically to children who are at high risk for becoming obese will prove to be a more valuable and more cost-effective strategy than targeting these interventions to whole populations of children. (317 words / 150 sec = 127 wpm)
Refered Blog

Thursday, November 10, 2011

NEJM Audio Summary - Nov 10, 2011


Excerpted Script
"Glucocorticoids plus N-Acetylcysteine in Severe Alcoholic Hepatitis"
by Eric Nguyen-Khac, from Amiens University Hospital, France.
Mortality among patients with severe acute alcoholic hepatitis is high, even among those treated with glucocorticoids. These authors investigated whether combination therapy with glucocorticoids plus N-acetylcysteine would improve survival. Mortality was not significantly lower in the prednisolone–N-acetylcysteine group than in the prednisolone-only group at 6 months (27% vs. 38%). Mortality was significantly lower at 1 month (8% vs. 24%) but not at 3 months (22% vs. 34%). Death due to the hepatorenal syndrome was less frequent in the prednisolone–N-acetylcysteine group than in the prednisolone-only group at 6 months (9% vs. 22%). Although combination therapy with prednisolone plus N-acetylcysteine increased 1-month survival among patients with severe acute alcoholic hepatitis, 6-month survival, the primary outcome, was not improved. (143 words/77 sec = 111 wpm)

Refered Blog

Wednesday, November 9, 2011

NEJM Audio Summary - Nov 3, 2011

Excerpted Script
"Host and Pathogen Factors for Clostridium difficile Infection and Colonization" by Vivian Loo, from McGill University Health Centre, Montreal, Quebec, Canada.
This study identified host and bacterial factors associated with health care–associated acquisition of Clostrium difficile infection and colonization. Of 4143 patients admitted to the hospitals in Quebec, Montreal, 2.8% and 3.0% had health care–associated C. difficile infection and colonization, respectively. Older age and use of antibiotics and proton-pump inhibitors were significantly associated with health care–associated C. difficile infection. Hospitalization in the previous 2 months; use of chemotherapy, proton-pump inhibitors, and H2 blockers; and antibodies against toxin B were associated with health care–associated C. difficile colonization. Among patients with health care–associated C. difficile infection and those with colonization, 62.7% and 36.1%, respectively, had the North American PFGE type 1 (NAP1) strain. In this study, health care–associated C. difficile infection and colonization were differentially associated with defined host and pathogen variables. The NAP1 strain was predominant among patients with C. difficile infection, whereas asymptomatic patients were more likely to be colonized with other strains. (188 words/ 97sec = 116 wpm)
Refered Blogs

Wednesday, November 2, 2011

NEJM Audio Summary - Oct 27, 2011


今回からポッドキャストの聴き方を変えてみる。今まではランニングしながらポッドキャスト全体を聴いていた。1回のランで2回聴けてたのが、1回半になってもリスニングの能力向上の実感が湧かない。脚力のようには聴解力は身につかないのである。そこで、同じ材料を聴く回数を増やすために、関心のある記事を繰り返し聴く方法に切り替えてみることにした。

Excerpted Script
00:54 | "Small-Airway Obstruction and Emphysema in Chronic Obstructive Pulmonary Disease" by John McDonough from St. Paul's Hospital, Vancouver, British Columbia, Canada. Patients with COPD have increased peripheral airway resistance. Using CT to compare the number of airways measuring 2.0 to 2.5 mm in 78 patients who had various stages of COPD. This study determined whether there was a relationship between small-airway obstruction and emphysematous destruction in COPD. The number of airways measuring 2.0 to 2.5 mm in diameter was reduced in patients with Global Initiative for Chronic Obstructive Lung disease (GOLD) scale stage 1, 2, 3 and 4 disease. MicroCT of isolated samples of lungs removed from patients with GOLD stage 4 disease showed a reduction of 81 to 99.7% in the total cross-sectional area of terminal bronchioles and a reduction of 72 to 89% in the number of terminal bronchioles. A comparison of the number of terminal bronchioles and dimensions at different levels of emphysematous destruction showed that the narrowing and loss of terminal bronchioles preceded emphysematous destruction in COPD. These results show that narrowing and disappearance of small conducting airways before the onset of emphysematous destruction can explain the increased peripheral airway resistance reported in COPD.
02:30 | In EDITORIAL, Wayne Mitzner from Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, Baltimore, writes this study raises key issues related to the timeline of the pathology in COPD, particularly with regard to the interaction between the peripheral airways and parenchyma. Given this uncertainty regarding the pathologic progression, it may be time to think about reconsidering the definition of emphysema. A new definition will clearly need to include more about the involvement of small airways beyond the simple absence of obvious fibrosis. On the basis of the work of McDonough and colleagues, the permanent enlargement of the distal airspaces may serve only as a structural biomarker, being a secondary result of small-airway inflammation and destruction.    (321 words/ 45-201sec = 131wpm) 
Collocation

  • determine whether
  • relationship between/with
  • analysis/study/patient/result/data show
  • after/with/of/before the onset

Refered Blogs

Wednesday, October 26, 2011

NEJM Audio Summary - Oct 20, 2011

TIME TABLE
00:45 | Earlier versus Later Start of Antiretroviral Therapy in HIV-Infected Adults with Tuberculosis
02:29 | Timing of Antiretroviral Therapy for HIV-1 Infection and Tuberculosis
04:08 | Integration of Antiretroviral Therapy with Tuberculosis Treatment
05:41 | When to Start Antiretroviral Therapy in HIV-Associated Tuberculosis
06:15 | Brief Report: Inflammatory Skin and Bowel Disease Linked to ADAM17 Deletion
07:29 | Neighborhoods, Obesity, and Diabetes — A Randomized Social Experiment
08:54 | Panretinal Photocoagulation for Proliferative Diabetic Retinopathy
10:42 | Case 32-2011 — A 19-Year-Old Man with Recurrent Pancreatitis
12:31 | Stalking Influenza Diversity with a Universal Antibody
14:20 | Defining Essential Health Benefits — The View from the IOM Committee
16:07 | Medical Device Innovation — Is “Better” Good Enough?
17:58 | The Supply-Side Economics of Abortion
19:50 | Multiple Intracranial Tuberculomas
20:52 | Jejunal Diverticular Bleeding
NEJM BLOGGERS
EXCERPTED SCRIPTS
00:45 | "Earlier versus Later Start of Antiretroviral Therapy in HIV-Infected Adults with Tuberculosis" by François-Xavier Blanc from CHU Bicêtre, Le Kremlin-Bicêtre, France. When to initiate antiretroviral therapy in patients with newly diagnosed HIV infection and tuberculosis has been debated. This study from Cambodia determine whether the earlier initiation of ART (2 weeks after the onset of tuberculosis treatment), as compared with later initiation (8 weeks afterward), could reduce mortality among patients with advanced immunodeficiency. The risk of death was significantly reduced in the group that received ART earlier, with 59 deaths among 332 patients (18%), as compared with 90 deaths among 329 patients (27%) in the later-ART group. The risk of tuberculosis-associated immune reconstitution inflammatory syndrome was significantly increased in the earlier-ART group. Irrespective of the study group, the median gain in the CD4+ T-cell count was 114 per cubic millimeter, and the viral load was undetectable at week 50 in 96.5% of the patients. Initiating ART 2 weeks after the start of tuberculosis treatment significantly improved survival among HIV-infected adults with CD4+ T-cell counts of 200 per cubic millimeter or lower.
02:29 | "Timing of Antiretroviral Therapy for HIV-1 Infection and Tuberculosis" by Diane  Havlir, from University of Califonia, San Francisco. This international study involving 809 patients with HIV and TB coinfection compared earlier therapy for both infections with waiting 8 to 12 weeks to initiate antiretrovirals after anti-TB therapy.In the earlier-ART group, 12.9% of patients had a new AIDS-defining illness or died by 48 weeks, as compared with 16.1% in the later-ART group. Among patients with screening CD4+ T-cell counts of less than 50 per cubic millimeter, 15.5% of patients in the earlier-ART group versus 26.6% in the later-ART group had a new AIDS-defining illness or died. Tuberculosis-associated immune reconstitution inflammatory syndrome was more common with earlier ART than with later ART (11% vs. 5%). The rate of viral suppression at 48 weeks was 74% and did not differ between the groups.
Overall, earlier ART did not reduce the rate of new AIDS-defining illness and death, as compared with later ART. In persons with CD4+ T-cell counts of less than 50 per cubic millimeter, earlier ART was associated with a lower rate of new AIDS-defining illnesses and death.
04:08 | "Antiretroviral Therapy Initiation during Tuberculosis Treatment" by Salim Abdool Karim from the Centre for the AIDS Programme of Research in South Africa, Durban. This study from South Africa determined the optimal time for initiation of ART in patients with HIV infection and tuberculosis. The incidence rate of the acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) or death was 6.9 cases per 100 person-years in the earlier-ART group (18 cases) as compared with 7.8 per 100 person-years in the later-ART group (19 cases) . However, among patients with CD4+ T-cell counts of less than 50 per cubic millimeter, the incidence rates of AIDS or death were 8.5 and 26.3 cases per 100 person-years, respectively. The incidence rates of the immune reconstitution inflammatory syndrome (IRIS) were 20.1 and 7.7 cases per 100 person-years, respectively. Early initiation of ART in patients with CD4+ T-cell counts of less than 50 per cubic millimeter increased AIDS-free survival. Deferral of the initiation of ART to the first 4 weeks of the continuation phase of tuberculosis therapy in those with higher CD4+ T-cell counts reduced the risks of IRIS and other adverse events related to ART without increasing the risk of AIDS or death.
05:41 |  In Editorial M. Estée Török from Addenbrooke's Hospital, Cambridge, UK, writes that the results of these three trials provide important evidence to guide clinicians who are treating patients with HIV-associated tuberculosis. The evidence, including the study results provides support for the earlier initiation of ART in patients coinfected with HIV and tuberculosis who have advanced immunosuppression, apart from those who present with tuberculous meningitis.

Thursday, October 20, 2011

NEJM Audio Summary - Oct 13, 2011

TIME TABLE
00:50 | A Bird's-Eye View of Fever
01:14 | Incidence of Adenocarcinoma among Patients with Barrett's Esophagus
03:02 | The Problems with Surveillance of Barrett's Esophagus
04:02 | Somatic SF3B1 Mutation in Myelodysplasia with Ring Sideroblasts
05:29 | Breast-Cancer Adjuvant Therapy with Zoledronic Acid
06:47 | Oil-in-Water Emulsion Adjuvant with Influenza Vaccine in Young Children
08:21 | Adult Primary Care after Childhood Acute Lymphoblastic Leukemia
10:09 | Case 31-2011 — A 55-Year-Old Man with Oligometastatic Lung Cancer
11:56 | “Pay for Delay” Settlements of Disputes over Pharmaceutical Patents
13:42 | Bariatric Surgery in Adolescents
15:34 | The Coming Explosion in Genetic Testing — Is There a Duty to Recontact?
17:21 | Rethinking Health Care Labor
19:20 | The New Language of Medicine
21:05 | Tropical Calcific Pancreatitis
22:03 | Myotonia of the Tongue
NEJM BLOGGERS
EXCERPTED SCRIPT
"The New Language of Medicine", a perspective article by Pamela Hartzband from Beth Israel Deaconess Medical Center, Boston.
In the new language of medicine, patients are “customers” or “consumers”; doctors and nurses are “providers.”  These descriptors have been widely adopted in the media, medical journals, and even on clinical rounds. Yet the terms are not synonymous. The word “patient” comes from patiens, meaning suffering or bearing an affliction. Doctor is derived from docere, meaning to teach, and nurse from nutrire, to nurture. These terms have been used for more than three centuries.
The words we use to explain our roles are powerful. They set expectations and shape behavior. This change in the language of medicine has important and deleterious consequences. The relationships between doctors, nurses, or any other medical professionals and the patients they care for are now cast primarily in terms of a commercial transaction. The consumer or customer is the buyer, and the provider is the vendor or seller. To be sure, there is a financial aspect to clinical care. But that is only a small part of a much larger whole, and to people who are sick, it's the least important part. The words “consumer” and “provider” are reductionist; they ignore the essential psychological, spiritual, and humanistic dimensions of the relationship — the aspects that traditionally made medicine a “calling,” in which altruism overshadowed personal gain. Reducing medicine to economics makes a mockery of the bond between the healer and the sick. 
COMMENT
医学と経済学は非常に似ていると思うことがある。使用者のプリンシプルによって益にも害にもなり得る。例えば、彼の国では2008年にノーベル経済学賞受賞のポール・クルーグマンは、反ブッシュの先鋒であって、New York Timesへの投稿"Patients Are Not Consumers"がスクリプトの元のアメリカ版「患者様問題」を扱った俯瞰記事でも引かれている。顧みて、此岸の国では社会的な責任を果たそうとする経済学者が希少なのか、マスコミにシャットアウトされているのか、耳目にする機会が少ないように思う。参考までに、他のいくつかのポール・クルーグマンの論文は、山形浩生さんのページで和訳を読むことが出来る。

Tuesday, October 18, 2011

英語のヒアリング練習に最適"PlayItSlowly + gPodder"

先に「 英語のヒアリングにUMPlayer + gPodderが最適」と書いたばかりなのだが、もっと素敵なものを見つけた。"PlayItSlowly"というソフト。スピードが可変なのは一緒だが、繰り返す部分の指定もできるし、スピードで変わったピッチを変えることも出来る。そして何より、軽いことこの上ない。ただ、gPodder側から設定するときにちょっとしたコツがいる。下は、gPodderのCtrl+Pで設定(Preferences)を開いたところだが、なぜかメニューには加わらないので、鉛筆ボタンを押して、"playitslowly %f"とコマンドを手打ちしてやる。こんなちょっとしたひと手間で定期購読のポッドキャストが、最高のヒアリング反復の教材に変身するのです。

Monday, October 17, 2011

Gnome3のキーボードショートカット

デスクトップ環境を Gnome3にしたら、断然使いやすい。そこでキーボードショートカットを覚えるためのwallpaperを作ってみた。LibreOffice Impressのスライドショーをプリントスクリーンしただけのもの。MacのKeynoteに慣れると、Impressはこんなことぐらいでしか使う気にならないな。


Sunday, October 16, 2011

ubuntu 11.10に最初にインストールした10のソフト


ubuntu新版リリース時恒例の忘備録を書いておく。
  1. Chromium: UbuntuソフトウェアセンターでもデフォルトのFirefoxより人気のようだ。
  2. mozc: Google日本語入力。Ubuntuソフトウェアセンターからインストール。
  3. Dropbox: オンラインストーレジサービスだが、ローカルにもファイルをおいてくれるので、OSを問わず複数のPC間でファイルを同期することができる。サイトからパッケージをダウンロードしてインストール。Android版もあるし、USBメモリーは殆ど使わなくなりました。
  4. UMPlayer + gPodder: 音楽・動画プレーヤとポッドキャスト・アグリゲータ。前者は、サイトから、後者はセンターにある。UMPlayerは再生速度を変えられるので、gPodderで適当な英語ポッドキャストを購読して、前者をプレーヤに設定すると、英語のヒアリング訓練に最適。
  5. Mendeley: 文献管理ソフト。サイトにUbuntuへのパッケージも用意されている。iPhone版もあるが、Android版は未リリース。
  6. R + RStudio: 統計環境とそのIDE。前者はセンターから、後者はサイトからインストール。最近話題になっているggplot2を使った描画が出来るGUI環境"Deducer"を試したかったが、なぜかインストールに失敗する。今後の課題。
  7. Gephi: ネットワーク分析のPhotoshopの謳い文句。サイトからインストール。
  8. GNU Backgammon: サイトからインストール。いつの間にか不具合がなくなっている。
  9. Quarry + GnuGo: 碁盤ソフト+囲碁思考エンジン。両方ともUbuntuソフトウェアセンターからインストール。これが結構強い。
  10. AMOR: UNIXやMacを古くから使っている人には懐かしいプログラム。キャラクターがデスクトップを駆けまわるだけのものだが、ラテン語の「愛」という意味の単語と"Amusing Misuse Of Resources"の略を掛けた命名がハードボイルド風の諧謔に溢れている。
残念なのは、日本郵便の「はがきでデザインキット」のプラットフォームAdobeAirがLinuxのサポートを止めたこと。Synapticパッケージマネージャがデフォルトで入ってないこと。インストールはソフトウェアセンターからってことなんだろう。試しに、センターで「愛」を探してみると…


悲しそうなスマイリーがつれない返事。決定的にubuntuに欠けているのはユーモアの精神とアフォーダンスへの配慮って気がする。一方、日本のチームの素早いローカリゼーションには、いつも感謝。今回はまだのようだが、「アップグレード後にJapanese Teamのリポジトリを有効にする方法」の記事がある。

Wednesday, October 12, 2011

NEJM Audio Summary - Oct 6, 2011


TIME TABLE
00:51 | Adjuvant Trastuzumab in HER2-Positive Breast Cancer
02:44 | Steady Progress against HER2-Positive Breast Cancer
03:15 | Oral Acyclovir Suppression and Neurodevelopment after Neonatal Herpes
04:53 | Neonatal Herpes Simplex Infection and the Three Musketeers
06:01 | Randomized Trial of Oral Teriflunomide for Relapsing Multiple Sclerosis
07:39 | Adverse Health Outcomes in Women Exposed In Utero to Diethylstilbestrol
09:47 | Mechanisms of Disease: Filaggrin Mutations Associated with Skin and Allergic Diseases
11:30 | It's Not All in Your Head
13:36 | The Uncertain Future of Medicare and Graduate Medical Education
15:15 | Can Age-Associated Memory Decline Be Treated?
16:55 | Routine HIV Screening — What Counts in Evidence-Based Policy?
18:48 | Reforming Provider Payment — The Price Side of the Equation
20:31 | Critical Moments — Doctors and Patients
22:27 | Patent Urachus
23:22 | Traumatic Diaphragmatic Hernia

Sunday, October 9, 2011

Gephi 0.8 beta、リリース

グラフ界のPhotoshopをうたうネットワーク可視化ソフトGephiは、10月4日に0.8 beta版がリリースされた。ローカリゼーションの日本語訳をお手伝いさせて頂いたので感無量。プログラマでもなく、社会ネットワーク分析の専門家でもない私が身の程知らずに関わり、誤訳も多いと思うので、使い続けて改訂の責任を果たしたい。スクリーンショットは、文献1のTable 1をCalcで入力、CSVで出力したものをGephiにインポートしてみたところ。R+igraphとの使い分け、グラフの細かな設定など今後、試行錯誤でやっていこう。
文献
  1. A glossary of terms for navigating the field of social network analysis J Epidemiol Community Health. 2004 December; 58(12): 971–975.

Saturday, October 8, 2011

Vermont州の医療改革 ー NEJM podcastから


EXCERPTED SCRIPTS
March 31, 2011   
16:33 | "State-Based Single-Payer Health Care — A Solution for the United States?", a PERSPECTIVE article by William Hsiao, from Harvard School of Public Health, Boston.  
In Vermont, the status quo in health care has become untenable. The health system analysts at the Harvard School of Public Health were commissioned by the Vermont Legislature to develop and evaluate options for health system reform. The analysts found that Vermont faces a $150 million budget shortfall. They found that the system capable of producing the greatest potential savings and achieving universal coverage was a single-payer system. This system reduces the rate of cost increases over time by insulating major decisions about health care spending from politics, as well as by paying providers through capitation rather than fee for service, promoting delivery-system integration, and reducing the practice of defensive medicine by implementing a no-fault medical malpractice system. All told, the analysts estimated that Vermont could save 25% in health care expenditures over 10 years. Now,the governor of Vermont, wishing to implement systemic health care reform to solve the intertwined problems of high and escalating health care costs and access to care for the swelling ranks of the uninsured, is turning toward a single-payer system. [->Article]
August 18, 2011 
16:28 | "Single Payer Ahead — Cost Control and the Evolving Vermont Model",   a PERSPECTIVE article by Anya Rader Wallack, special assistant to the governor for health reform, Montpelier, Vermont. 
Governor Peter Shumlin of Vermont recently signed into law ambitious health care reform legislation that puts Vermont on course to implement a single-payer health care system and includes key provisions for controlling health care costs.The law creates a Health Benefit Exchange, consistent with the federal Affordable Care Act, and anticipates using it as the administrative structure for a publicly funded program of health insurance coverage for all Vermonters. The Shumlin administration believes that a single-payer system offers the greatest promise for reducing administrative waste and hassle in our health care system, guaranteeing coverage to everyone in the state, and relieving employers of the increasingly crushing burden of health insurance costs.Vermont's plan would include many features common to single-payer systems around the world: a global budget for health care expenditures, guaranteed coverage that is not linked to employment, and a single system of provider payments and administrative rules. The health care delivery system would remain privately owned, however, and the state could contract with a private insurer to perform some functions required of the single payer.Vermont is a small state (population about 625,000), but even on that scale, plans to launch a U.S. single-payer system seem noteworthy. [->Article]
COMMENT
英国のNHSは、南ウェールズのTredegarという炭鉱街発のものであった。 台湾をはじめ実績を重ねているハーバード大学公衆衛生学William C. Hsiao (蕭慶倫) 教授の手腕や如何に。Vermont州は合衆国のTredegarとなり得るのだろうか。そして、韓国や台湾に続き、アメリカにまで我が国の医療システムは医療保険制度の一元化において遅れをとってしまうことになるのだろうか?
REFERENCES


NEJMからの返信

前回投稿の終わりに、NEJM編集部に疑問をメールした旨を書いた。私が編集部にメールしたのは、2日であったが、編集部では著者に転送してくれて、返信の転送を受け取ったのが6日、予想外の迅速な返信に感動した次第。

肝心な内容だが、2011年9月29日号の「Cystisineの禁煙効果」の論文においてprimary outcomeの検定がフィッシャーの正確確率検定になっていないのではないかという疑問を指摘したのだが、著者の返信によると、私のメールを統計学者と検討してくれた上で、検定はフィッシャーの正確確率検定で行い、信頼区間や相対リスクはロジステイック回帰を用いたとのこと。正直、なぜ、わざわざロジステイック回帰を用いたのか、どのように計算したのかは、私には理解不能。しかし、著者側にも、査読側にも統計の専門家がいて、先日私がうっかり記したような「凡ミス」が起こり難い体制になっていることは納得できたし、一読者のつまらない疑問に対しても編集部のレスポンスが速いことには感服させられた一件でした。

Thursday, October 6, 2011

Lehrの公式(2)

比率の検定の場合、Lehrの公式をどのように使うかというのが主題。NEJMの9月29日号の論文"Placebo-Controlled Trial of Cytisine for Smoking  Cessation"を例にとる。METHODSのStatistical Analysisに以下のようにある。
With the use of previous trial data as a guide, we estimated that we would need to enroll 740 participants (370 in each group) to detect a between-group difference of 6 percentage points (6% vs. 12%) for the primary outcome, with 80% power and at an alpha level of 0.05.
プラセボ群と介入群の禁煙成功率をそれぞれ6%、12%と見積もって、検出力を80%、あわてて帰無仮説を棄却してしまう危険率の水準を0.05と標準的な設定している。t検定の場合、標本サイズ=16÷(δ/σ)2で計算したが、比の検定の場合は、右掲書によると、「標準化した差=δ/σ」の部分に下の値を入れて計算するそうだ。





Google電卓では、16 / ((0.06 / sqrt(0.09 * 0.91))^2) = 364となる。Rで確かめてみると、
> power.prop.test(p1=.12, p2=.06, power=0.8)
     Two-sample comparison of proportions power calculation
              n = 355.9428
             p1 = 0.12
             p2 = 0.06
      sig.level = 0.05
          power = 0.8
    alternative = two.sided
 NOTE: n is number in *each* group
で妥当な数字。

おまけで、当該論文の結果の比の検定をしてみた。
> prop.test(c(31,9), c(370,370), correct=F)
        2-sample test for equality of proportions without continuity
        correction
data:  c(31, 9) out of c(370, 370)
X-squared = 12.7914, df = 1, p-value = 0.0003482
alternative hypothesis: two.sided
95 percent confidence interval:
 0.02715792 0.09176099
sample estimates:
    prop 1     prop 2
0.08378378 0.02432432 
あれれ?論文の数字といっしょ! 論文には、"The absolute percentage-point difference between participants who met the criteria for abstinence in the two groups was tested with the use of Fisher's exact test."って書いてあるのに。一応、Fisher's exact testもしてみたが、やはり論文の検定結果とは異なる。結論がひっくり返るほどの間違いではないし、NEJMの査読でもこんな凡ミスを見逃すんだと思うと微笑ましいが、一応、指摘のメールをしておいた。返事あるかな?

Wednesday, October 5, 2011

NEJM Audio Summary - Sep 29, 2011

TIME TABLE
00:54 | Genomewide Association between GLCCI1 and Response to Glucocorticoid Therapy in Asthma
02:40 | A Step toward Personalized Asthma Treatment
03:27 | Changes in Forced Expiratory Volume in 1 Second over Time in COPD
05:15 | Variable Loss of Lung Function in COPD
05:42 | Placebo-Controlled Trial of Cytisine for Smoking Cessation
06:49 | Treatment of Neonatal Sepsis with Intravenous Immune Globulin
07:53 | End-of-Life Transitions among Nursing Home Residents with Cognitive Issues
09:27 | Treating Smokers in the Health Care Setting
11:12 | Case 30-2011 — A 62-Year-Old Woman with Renal Failure
12:57 | Restrictions on the Use of Prescribing Data for Drug Promotion
14:38 | Reducing Unnecessary Hospitalizations of Nursing Home Residents
16:26 | Who Owns Federally Funded Research? The Supreme Court and the Bayh–Dole Act
17:53 | Providing for Those Who Have Too Little
19:40 | Ectopic Tooth in the Maxillary Sinus
20:19 | Orbital and Cerebral Arteriovenous Malformations
NEJM BLOGGERS' REMARKS
EXCERPTED SCRIPT
05:42 | "Placebo-Controlled Trial of Cytisine for Smoking Cessation" by Robert West from University College London in United Kingdom.
Cytisine is a low-cost medication that is potentially beneficial in smoking cessation. In this trial participants were randomly assigned to receive cytisine or matching placebo for 25 days. The rate of sustained 12-month abstinence was 8.4% (31 participants) in the cytisine group as compared with 2.4% (9 participants) in the placebo group. The 7-day point prevalence for abstinence at the 12-month follow-up was 13.2% in the cytisine group versus 7.3% in the placebo group. Gastrointestinal adverse events were reported more frequently in the cytisine group. Cytisine was more effective than placebo for smoking cessation. The lower price of cytisine as compared with that of other pharmacotherapies for smoking cessation may make it an affordable treatment to advance smoking cessation globally.  
07:53 | "End-of-Life Transitions among Nursing Home Residents with Cognitive Issues" by Pedro Gozalo from Brown University, Providence, Rhode Island.Health care transitions in the last months of life can be burdensome and potentially of limited clinical benefit for patients with advanced cognitive and functional impairment.
In this study, we attempted to define patterns of transition among persons with advanced cognitive impairment who were in a nursing home 120 days before death. Among 474,829 nursing home decedents, 19.0% had at least one burdensome transition (range, 2.1% in Alaska to 37.5% in Louisiana). In adjusted analyses, blacks, Hispanics, and those without an advance directive were at increased risk. Nursing home residents in regions in the highest quintile of burdensome transitions (as compared with those in the lowest quintile) were significantly more likely to have a feeding tube (adjusted risk ratio, 3.38), have spent time in an ICU in the last month of life (adjusted risk ratio, 2.10), have a stage IV decubitus ulcer (adjusted risk ratio, 2.28), or have had a late enrollment in hospice (adjusted risk ratio, 1.17). Burdensome transitions are common, vary according to state, and are associated with markers of poor quality in end-of-life care. 
09:27 | "Treating Smokers in the Health Care Setting", a CLINICAL PRACTICE article by Michael Fiore from University of Wisconsin School of Medicine and Public Health, Madison.Tobacco use is directly responsible for about one fifth of all deaths in the United States. Approximately 70% of smokers in the United States see a primary care physician each year; thus, there is a good opportunity to deliver effective interventions for smoking cessation. Many smokers lack the motivation to attempt to quit, but various interventions can increase the number of smokers who make an attempt and the likelihood of success. One such intervention is motivational interviewing, in which the clinician uses nonconfrontational counseling to resolve the patient's ambivalence about quitting by encouraging choices that are consistent with the patient's long-term goals. Another approach is to encourage and instruct unwilling smokers to substantially and persistently reduce their daily smoking, while they are receiving nicotine-replacement therapy. Extensive research provides support for the effectiveness of counseling and pharmacologic interventions, alone or in combination, in increasing smoking-cessation rates among patients who are willing to attempt to quit. However, many smokers will not engage in counseling. Therefore, a smoker's willingness to try to quit should guide the management plan. In this article strategies to facilitate smoking cessation are reviewed, including documentation of smoking status for all patients, regular assessment of readiness to quit, counseling, and medications. An audio version of this article is available at NEJM.org.
14:38 | "Reducing Unnecessary Hospitalizations of Nursing Home Residents", a PERSPECTIVE article by Joseph Ouslander from Florida Atlantic University, Boca Raton.More than 1.6 million Americans live in nursing homes. Hospitalizations are common in this population; in 2006, 23.5% of the people admitted to a post-acute-care skilled-nursing facility were rehospitalized within 30 days. Studies suggest that many hospitalizations of US nursing home residents are inappropriate, avoidable, or related to conditions that could be treated outside the hospitals — and they cost over $4 billion per year. But the causes of preventable hospitalizations in this population are complex. One fundamental problem is not clinical but financial, stemming from a misalignment of Medicare and Medicaid: state Medicaid programs do not benefit from savings that Medicare accrues from prevented hospitalizations of nursing home residents, even though the nursing home incurs expenses when managing changes in condition without hospital transfer. In addition, nursing homes have a financial incentive to hospitalize residents who have Medicaid coverage, because after a 3-day inpatient stay, the resident may qualify for Medicare Part A payment for post-acute care in the nursing home at three to four times the daily rate paid by Medicaid. Multifaceted strategies will be needed to address the current incentives for hospitalization if we are to improve nursing home care and prevent unnecessary hospitalizations, with their related complications and costs.

Saturday, October 1, 2011

分散均一性(homoskedasticity)


前回のおまけのスクリプトでは、分散均一性が分かっていたので、その検定を端折っていた。不明な場合は、F検定で分散均一性を検定する必要がある。その上で分散が同じと言えないようであれば、Welch–Satterthwaiteの式を適用した方法を用いることになる。
> s <- round(rnorm(17, 162, 5.13), digits = 1)
> m <- round(rnorm(17, 156, 5.07), digits = 1)
> var.test(s, m)
F test to compare two variances
data:  s and m
F = 1.1808, num df = 16, denom df = 16, p-value = 0.7437
alternative hypothesis: true ratio of variances is not equal to 1
95 percent confidence interval:
 0.4276064 3.2605437
sample estimates:
ratio of variances
          1.180775
> qf(0.95, 16, 16)
[1] 2.333484
> t.test(s, m, var.equal=TRUE, paired=FALSE)
Two Sample t-test
data:  s and m
t = 4.199, df = 32, p-value = 0.0001996
alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0
95 percent confidence interval:
 3.331689 9.609488
sample estimates:
mean of x mean of y
 162.7176  156.2471
> qt(0.975, 32)
[1] 2.036933
> s <- round(rnorm(17, 162, 9.13), digits = 1)
> m <- round(rnorm(17, 156, 4.07), digits = 1)
> var.test(s, m)
F test to compare two variances
data:  s and m
F = 4.2636, num df = 16, denom df = 16, p-value = 0.006053
alternative hypothesis: true ratio of variances is not equal to 1
95 percent confidence interval:
  1.544013 11.773261
sample estimates:
ratio of variances
          4.263575
> qf(0.95, 16, 16)
[1] 2.333484
> t.test(s, m, var.equal=FALSE, paired=FALSE)
Welch Two Sample t-test
data:  s and m
t = 2.4679, df = 23.114, p-value = 0.02142
alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0
95 percent confidence interval:
 0.8204995 9.3089123
sample estimates:
mean of x mean of y
 162.2059  157.1412
> qt(0.975, 32)
[1] 2.036933

Friday, September 30, 2011

退屈と煽動の間

「最も力のあるゲイ」と評され、AppleのCEOに就任したTim Cook氏。彼が就任前に行った母校での卒業式での講演の和訳が最新号のクーリエに載っていた。原文はこちら。感想を2点ほど。1つ、ゲイであるということから、少し変わったキャラクターを期待していたが、普通であること。この感じ方は、ゲイに対して偏見を持っていないつもりの私自身の無意識での偏見を暴いてくれた。もう1つ、ジョブズの後継であるということから、自意識の強いスピーチを予想していたが、特に、冒頭や締めくくりなど、控えめで、まるで日本人的なスピーチなのだ。何かで、典型的なWASPというのは、実は、自己をチームに埋没させ、自己主張を控える日本人と似た心性を有しているというようなことを読んだことがあるが、彼もそういう出自なのだろうか?日本人に違和感のないスピーチをするためのテンプレートとしては有用だが、世界を動かすほどの力はない。

世界を動かした演説については、右本が参考になる。よくありがちな名演説集とは一線を画し、ビンラディンとかアジェンデとかの演説も収められており、マスコミによって編集されていない世界を考えるのに役立つ一冊。原著のサイトには、音声や動画へのリンクもあります。


Wednesday, September 28, 2011

NEJM Audio Summary - Sep 22, 2011

TIME TABLE
00:53 | Efficacy of a Tyrosine Kinase Inhibitor in Idiopathic Pulmonary Fibrosis
02:41 | Resolving the Scar of Pulmonary Fibrosis
03:16 | Lebrikizumab Treatment in Adults with Asthma
04:37 | Asthma Phenotypes and Interleukin-13 — Moving Closer to Personalized Medicine
05:18 | Long Interdialytic Interval and Mortality among Patients Receiving Hemodialysis
06:47 | Rotavirus Vaccine and Health Care Utilization for Diarrhea in U.S. Children
08:28 | Current Concepts: Hepatocellular Carcinoma
10:13 | Case 29-2011 — A 66-Year-Old Woman with Cardiac and Renal Failure
11:26 | Reforming the Regulations Governing Research with Human Subjects
12:55 | Eliciting Mucosal Immunity
14:32 | Confronting Alzheimer's Disease
16:15 | The Threat of Artemisinin-Resistant Malaria
18:02 | Health Care Policy in an Age of Austerity
19:18 | Porphyria Cutanea Tarda
20:18 | Renal Tuberculosis
NEJM BLOGGERS
EXCERPTED SCRIPT
"The Threat of Artemisinin-Resistant Malaria", a PERSPECTIVE article by Arjen Dondorp, from Mahidol University, Bangkok, Thailand
Since the 1970's when Chinese researchers demonstrated the artemisinins antimalarial potency, artesiminin based combination therapy has become key to malaria control. But reduced susceptibility of Plasmodium falciparum to artemisinin derivatives has been documented in the Cambodia–Thailand border region.  Although most P. falciparum infections still eventually clear after treatment with artemisinin-based combination therapies, resistant parasites take 3 or 4 days to do so, as compared with less than 2 days for artemisinin-sensitive parasites. This delayed clearance could be a step toward high-level resistance and frank treatment failure. Since the artemisinins have very short half-lives, this loss of potency also renders the more slowly eliminated drugs that are part of combination therapies vulnerable to development of resistance. The gravity of this threat has been recognized, and an ambitious program to contain artemisinin resistance has been launched under the guidance of the World Health Organization. Still, several critically important questions about artemisinin resistance and containment merit urgent attention. The artemisinins have been crucial to recent successes in reducing the malaria burden, and artemisinin-based combination therapies are essential to all plans for malaria elimination. Losing artemisinins to resistance will not only jeopardize the goal of malaria eradication, but will also result in large increases in African childhood mortality.
今年はLasker-DeBakey臨床医学研究賞を上記中国研究者の筆頭である屠呦呦(Tu Youyou)女史が受賞されたのですね。

Tuesday, September 27, 2011

Lehrの公式

少数の女性の知り合い身長が最大170cm、最小150cmで、S女性とM女性で平均身長に5cmくらい差がありそうだったとする。右掲本によると、標準偏差の概算は、「データが多いときはデータ範囲の1/6、少ないときは1/4」ということなので、「1/4」を採用して、女性の身長の標準偏差を5.0と見積もる。実際のところ、S女性とM女性に身長差があると言えるのか検討したい。同数のサンプルを集めることとして、検出力80%、両側検定で有意水準95%とした場合、何名ずつ必要か?って時に役立つのが、"Lehrの公式"。
サンプルサイズ=16×(予想される差/標準偏差) 
=16×(5/5) 
=16
Rでサンプルサイズを算出してみる。
> power.t.test(power=0.8, delta=5, sd=5, sig.level = 0.05)
     Two-sample t test power calculation 
              n = 16.71477
          delta = 5
             sd = 5
      sig.level = 0.05
          power = 0.8
    alternative = two.sided
 NOTE: n is number in *each* group 
と、結構、精度は良いことが分かる。

おまけで、S女性の実際の平均身長が162cm、標準偏差が5.13、M女性の実際の平均身長が156cm、標準偏差が5.07だとして、Rで正規分布に従うサンプルを17個ランダムに生成して、箱髭図を描き、t検定と一般線形モデルを使用した解析を行うスクリプト。
s <- round(rnorm(17, 162, 5.13), digits = 0)
m <-round(rnorm(17, 156, 5.07), digits = 0)
boxplot(s, m)
t.test(s, m)
summary(glm(s~m))
データさえ読み込んでいれば、作図から解析までたった3行で実行してしまうRのパワーに改めて感動。

Wednesday, September 21, 2011

NEJM Audio Summary - Sep 15, 2011

TIME TABLE
00:43 | Apixaban versus Warfarin in Patients with Atrial Fibrillation
02:26 | A New Era for Anticoagulation in Atrial Fibrillation
03:24 | Stenting versus Aggressive Medical Therapy for Intracranial Arterial Stenosis
05:20 | The Challenges of Intracranial Revascularization for Stroke Prevention
06:25 | A Field Trial to Assess a Blood-Stage Malaria Vaccine
07:50 | Response-Guided Telaprevir Combination Treatment for Hepatitis C Virus Infection
09:42 | Breast-Cancer Screening
11:35 | Genomic Medicine: Genomics, Health Care, and Society
13:24 | Case 28-2011 — A 74-Year-Old Man with Pemphigus Vulgaris and Lung Nodules
15:03 | Moving beyond Parity — Mental Health and Addiction Care under the ACA
16:53 | Medical Devices — Balancing Regulation and Innovation
18:48 | Medical Devices and Health — Creating a New Regulatory Framework for Moderate-Risk Devices
20:35 | Splenic Calcification
21:14 | Gout Nodulosis
NEJM BLOGGERS
呼吸器内科医「AMA1組換え蛋白マラリアワクチンの有用性について
ABRIDGED SCRIPT
"Breast-cancer screening",
a Clinical Practice article by Ellen Warner from University of Toronto, Canada.
Mortality from breast cancer in industrialized countries has been decreasing at the rate of approximately 2.2% per year. In the United States, this decline has been attributed both to advances in adjuvant therapy and to increasing use of screening mammography. Nevertheless, the 2009 recommendations of the U.S. Preventive Services Task Force support a reduction in the use of screening mammography. This revision resulted in considerable confusion and controversy. The two most disputed changes were the reclassification of screening for women between the ages of 40 and 49 years from a B recommendation (based on moderately strong evidence) to a C recommendation (“the decision should be an individual one and take into account patient context, including the patient's values regarding specific benefits and harms”), and the recommendation that the frequency of screening be reduced from every 1 to 2 years to every 2 years. This article focuses on the updated evidence and recommendations for screening women who are at average risk for breast cancer. The most important benefits of screening are a reduction in the risk of death and the number of life-years gained. Costs include the financial costs and other costs of the screening regimen itself (radiation risk, pain, inconvenience, and anxiety), the ensuing diagnostic workup in the case of false positive results, and overdiagnosis. The ratio of benefit to cost varies significantly with the patient's age. An audio version of this article is available at NEJM.org.
COMMONLY MISPRONOUNCED WORDS
gout [ɡaʊt]
malaria[məˈleriə]

Monday, September 19, 2011

RGoogleTrendsパッケージ


RGoogleTrendsパッケージを使うと、GoogleTrendsから直にデータをRに取り込むことが出来て便利。
## パッケージのインストールとロード
install.packages("RGoogleTrends", repos = "http://www.omegahat.org/R", type = "source")
library(RGoogleTrends)
install.packages("ggplot2")
library(ggplot2)
## データの取得
trends <- getGTrends("インフルエンザ")
data <- trends$Week[, 1:2]
## 日付の変換
localetime <- Sys.getlocale("LC_TIME")
Sys.setlocale("LC_TIME", "C")
data[,1] <- as.Date(as.character(data[,1]), "%b %d %Y")
Sys.setlocale("LC_TIME", localetime)
## グラフの描画
qplot(data[,1], data[,2], data, geom = "line") + geom_line() + geom_smooth()

今更ながらなのだが、クリニックで仕事をしていると、大規模なスタディをすることはないので生存分析などの統計手法は不要。むしろ、"Search Volume Index"のような時系列データの取扱いとその可視化が必要になる場面が多い。患者数とか、サーベイランスとか、QIとか。そうすると、今後は、"xts" や "ggplot2" のようなパッケージについて深めていかなければなるまい。ネットでドキュメントを熟読すればいいのだが、日本R会の錚々たる顔ぶれが揃い踏みの上記手引書が出版されている。帯にある通り、Rjpwikiの管理人である岡田昌史氏がEpiパッケージ/twitteRパッケージ/Rpadパッケージを、Tsukuba.Rを主催する横山貴央氏がDBIパッケージ/RMySQLパッケージを、mickey24氏がsnowパッケージを、Tokyo.Rを主催する里洋平氏がRfinanceYJパッケージ/XMLパッケージ/RCurlパッケージを、Osaka.Rを主催する林真広氏がmemiscパッケージ/foreignパッケージ/psychパッケージ/semパッケージを、Shiga.Rを主催する樋口千洋氏がplyrパッケージ/caretパッケージ/e1071パッケージ/randomForestパッケージ/ggplot2パッケージを 、Okinawa.Rを主催する牧山文彦氏がstatconnDCOMパッケージ/rcomパッケージを解説してくれている。まだまだ他の著者がxtsパッケージや生存分析を行うsurvivalパッケージを含む他の多くのパッケージについて語ってくれていて、その上、Rを使いこなしていなければ気づかないTipsがコラムとして挟まれている。少々値がはるが、Rを素のまま使うという方以外には、必須の1冊である。

Wednesday, September 14, 2011

NEJM Audio Summary - Sep 8, 2011

TIME TABLE
00:55 | Rivaroxaban versus Warfarin in Nonvalvular Atrial Fibrillation
02:38 | New Options in Anticoagulation for Atrial Fibrillation
03:33 | Genetic Basis for In Vivo Daptomycin Resistance in Enterococci
04:33 | What Has Kept the Antibiotic Miracle Alive?
05:33 | General and Abdominal Obesity and Risk of Death among Black Women
07:25 | Health Care Spending and Quality in Year 1 of the Alternative Quality Contract
09:11 | Current Concepts: Drug-Resistant Epilepsy
10:59 | Mechanisms of Disease: Mendelian Disorders of Membrane Trafficking
12:41 | Case 27-2011 — A 17-Year-Old Boy with Abdominal Pain and Weight Loss
14:17 | Illuminating Immune Privilege — A Role for Regulatory T Cells in Preventing Rejection
15:55 | HIV Vaccine Development — Improving on Natural Immunity
17:44 | Global Noncommunicable Diseases — Lessons from the HIV–AIDS Experience
19:31 | Drunk Driving, Distracted Driving, Moralism, and Public Health
21:19 | Ortner's Syndrome
22:23 | Chemotherapy-Induced Hyperpigmentation of the Tongue
ABRIDGED SCRIPT
"A 17-Year-Old Boy with Abdominal Pain and Weight Loss"
A CASE RECORD OF THE MASSACHUSETTS GENERAL HOSPITAL by Harland Winter and colleagues
A 17-year-old boy was admitted to the hospital because of abdominal pain, constipation and weight loss. 6 weeks earlier, intermittent crampy abdominal pain developed. Approximately 3 weeks later, nonbloody diarrhea developed and lasted for a week, associated with one episode of emesis. Thereafter, abdominal pain occurred daily. It became localized in the right lower quadrant, intermittently radiated to the right flank, and became associated with constipation. He reported night sweats with chills but no fever. The patient had visited relatives in Haiti approximately 4 years earlier for 1 week. Skin tests for tuberculosis were reportedly negative before and after that trip. On admission to this hospital, the patient was febrile and his stool was guaiac-negative. Gastrointestinal radiographs showed the narrowing of the cecum. CT scans showed peritoneal implant and mediastinal mass. The peritoneal implants  raised the possibility of a malignant tumor, although the patient did not appear to be ill. PPD test was now positive; HIV test was negative, and bronchoscopy yielded negative results. In a patient with a mediastinal mass and peritoneal implants, cancer and infection are primary considerations.
COMMONLY MISPRONOUCED WORDS
  • Haiti [ˈheɪti]、形容詞はHatian[ˈheɪʃn]