Wednesday, August 31, 2011

NEJM Audio Summary - Aug 25, 2011

Time Table
0:50 | Azithromycin for Prevention of Exacerbations of COPD 689-6981,2
2:18 | Preventing Exacerbations of COPD — Advice from Hippocrates 753-754
3:07 | Apixaban with Antiplatelet Therapy after Acute Coronary Syndrome 699-7083
4:56 | Origins of the E. coli Strain Causing an Outbreak of Hemolytic–Uremic Syndrome in Germany 709-717
6:41 | Brief Report: Open-Source Genomic Analysis of Shiga-Toxin–Producing E. coli O104:H4 718-724
7:41 | Brief Report: Chimeric Antigen Receptor–Modified T Cells in Chronic Lymphoid Leukemia 725-7334
8:50 | Redirecting T Cells 754-757
9:16 | Thrombopoietin-Receptor Agonists for Primary Immune Thrombocytopenia 734-741
10:59 | Case 26-2011 — A 7-Year-Old Boy with a Complex Cyst in the Kidney 743-751
12:28 | Systemic Lupus Erythematosus and the Neutrophil 758-760
14:11 | Impossible? Outlawing State Safety Laws for Generic Drugs 681-683
15:53 | The Effects of Medicaid Coverage — Learning from the Oregon Experiment 683-685
17:29 | HIV Surveillance, Public Health, and Clinical Medicine — Will the Walls Come Tumbling Down? 685-687
19:03 | Baló's Concentric Sclerosis 7425
19:44 | Pneumatosis Cystoides Intestinalis e16
References
  1. 六号通り診療所所長のブログ「慢性呼吸器疾患の抗生物質長期療法について
  2. 内科開業医のお勉強日記「COPD急性増悪予防:アジスロマイシン持続療法
  3. 千夜千論~臨床・疫学・統計の観点から医学論文を読み解く~「Xa阻害薬の使い方
  4. AFP BBnews「T細胞の改変で末期の白血病患者が全快、米研究
  5. AJNR "Baló's Concentric Sclerosis: Clinical and Radiologic Features of Five Cases"

Monday, August 29, 2011

データの生成:単位円内に一様分布する1000個の点

Rでは様々な方法でデータの生成が出来る。代表的なものは、一様分布による乱数を生成する関数"runif"(random uniformの略)があります。これを利用して、単位円内に一様分布する1000個の点を描くとしよう。単純に半径と中心角をランダムに生成させてプロットしただけでは、中心に近いところに点が偏ってしまう。それを回避するためには、一様分布で発生させた半径を開平してやる必要がある。ちょっとしたコツでした。

Friday, August 26, 2011

【本】「つながり」を突き止めろ


私がネットワーク分析に出会ったのは2002年、本書でも紹介されているバラバシの著作「新ネットワーク思考―世界のしくみを読み解く」であった。そして本書の著者の著作「ネットワーク分析―何が行為を決定するか (ワードマップ)」、「実践ネットワーク分析―関係を解く理論と技法」でその概要を学んだ。以後、ネット上では、del.icio.us、Flickr、CiteULikeなどのFolksonomyの興隆を目の当たりにし、この分野に関心を抱いてきた。自分の専門分野でも、「つながり 社会的ネットワークの驚くべき力」の著作があるChristakisの論文が発表され、New England Journal of Medicineにも、過食や喫煙という行動の感染ネットワークに関する論文が寄せられている。そして、この分野が第2の「統計学」として実地医家の有益なツールになり得るという確信を深め、自らも、「弱い紐帯の力」ゆえ職場を変えた。

しばらく時は緩やかに流れ、この1ヶ月、"Gephi"というグラフ描出ソフトに出会い、本書を手にし、2005年6月のスタンフォード大での卒業記念スピーチで"You can only connect the dots looking backwards."と話したスティーブ・ジョッブズがCEOを辞任したのも、my gut 、destiny、life、karma、whateverなのだろう。

思い出話に過ぎた。本書は、以前の著作とは異なり、この学問分野に対する著者の愛情と葛藤が過剰なまでに吐露されている。著作上の片思いの弟子としては、ちょっと複雑な気分で、シナプス間のドパミン濃度を高めてあげたい衝動に駆られる記述もある。しかし、この著作でネットワーク分析に親しむ読者は、対テロ戦略、社内メールによる従業員監視、SNS、STDやインフルエンザの広がり方という圧倒的なテーマにそんな瑣末は気にならないことと思う。同時に、興奮から醒め、冷静になると、ルネサンス後期にセルバンテスが引いた
Dime con quién andas, decirte he quién eres (El Quijote II 10 y 23)
誰とつるんでるか言ってみろ、お前がどんな奴か言ってやる。
という諺を検証するのにかけた時間を思うと、嘆息をつきながら、苦笑いするしかないような気もしてくるのです。

Thursday, August 25, 2011

ジョブズ退任の手紙(対訳)

To the Apple Board of Directors and the Apple Community:
アップル取締役会とアップル・コミュニティの皆様へ:

I have always said if there ever came a day when I could no longer meet my duties and expectations as Apple’s CEO, I would be the first to let you know. Unfortunately, that day has come.
私は、アップルCEOとして職務と期待が果たせなくなる日が来た場合、まず最初にあなたたちに伝えると兼ねてから言ってきた。

I hereby resign as CEO of Apple. I would like to serve, if the Board sees fit, as Chairman of the Board, director and Apple employee.
ここにアップルCEOを辞する。取締役会が適当であると判断すれば、会長、取締役、アップル社員として留任したい。

As far as my successor goes, I strongly recommend that we execute our succession plan and name Tim Cook as CEO of Apple.
私の後継者については、我々の後継者プランを遂行し、ティム・クック氏をCEOに指名したい。

I believe Apple’s brightest and most innovative days are ahead of it. And I look forward to watching and contributing to its success in a new role.
この先、アップルの最も輝かしく革新にあふれた日々が待っていることを信じている。新たな役割を果たすなかで、アップルの成功に貢献し、それを見届けられることを楽しみにしている。

I have made some of the best friends of my life at Apple, and I thank you all for the many years of being able to work alongside you.
私はアップルでは人生最良の友人を何人か得ることができた。多年にわたりあたなたちと働くことができたことを感謝する。

Steve

原文 http://www.apple.com/pr/library/2011/08/24Letter-from-Steve-Jobs.html
訳文 http://jp.wsj.com/IT/node_294438

Wednesday, August 24, 2011

NEJM Audio Summary - Aug 18, 2011

Time Table
0:53 | Prevention of Intraoperative Awareness in a High-Risk Surgical Population 591-6001
2:26 | General Anesthesia — Minding the Mind during Surgery 660-661
3:24 | Salmonella Typhimurium Infections Associated with Peanut Products 601-610
4:58 | A Mosaic Activating Mutation in AKT1 Associated with the Proteus Syndrome 611-619
6:12 | Hamartoma Syndromes, Exome Sequencing, and a Protean Puzzle 661-663
6:55 | Interleukin-36–Receptor Antagonist Deficiency and Generalized Pustular Psoriasis 620-628
8:12 | Malpractice Risk According to Physician Specialty 629-6362
9:51 | Development of Antiretroviral Drug Resistance 637-646
11:47 | Case 25-2011 — A 62-Year-Old Woman with Anemia and Paraspinal Masses 648-658
myeloid hyperplasia
13:14 | Medical Malpractice in the Military 664-670
14:42 | Global Health: Pediatric HIV — A Neglected Disease? 581-583
16:29 | Single Payer Ahead — Cost Control and the Evolving Vermont Model 584-585
18:11 | The Doctor's Dilemma — What Is “Appropriate” Care? 585-587
19:50 | Complicated Lives — Taking the Social History 587-589
21:22 | Scrotal Calcinosis 647
22:23 | An Unusual Cause of Trigger Finger e14
Key Words
pustular psoriasis ぱすちゃら さらいあしす、mosaic もぜいく、high-income はいえんかむ、interleukin いんたるーきん、myeloid まいぉろいど、psychiatry さかいあとり
Referential Blog Posts
  1. 内科開業医のお勉強日記「術中覚醒予防モニタリング:BIS優越性証明できず v ETAC
  2. 内科開業医のお勉強日記「医者は全員医療ミスで追及される

Tuesday, August 23, 2011

サンプルデータの利用

このブログをリストラしようと思う。そもそも自己満足のためのブログなのだが、それでも後から自分の為になる方がいい。単発的なつぶやきは、Twitterにして、ここでは、月曜日に、R+RStudioの記事、水曜日に、NEJMのポッドキャストの記事、金曜日に、本や音楽、映画の話題で投稿していこうと思う。

早速は、R+RStudioの話。統計解析を始めるには、まずデータが必要だ。Rの嬉しいところは、様々なデータが最初から入っていること。今回は、まず、メタ解析のためのパッケージ"rmeta"を導入して、そのパッケージのデータを使って、R+RStudio環境に慣れるのが眼目。RStudioを使うと、コンソールにコマンドを手打ちする必要が全くない。

1) RStudioを起動したら、右下のパネルのPackagesタブをクリック。
2) 現れた"Install Packages"メニューをクリックすると、ダウンロード先のミラーを訊かれるので、"Japan(Tsukuba)"を選んでおく。
3) 次にインストールするパッケージ名を訊かれるので、"Packages(separate multiple with space or comma):"の下に"rmeta"と入力して、Installボタンを押す。
4) 右下パネルの"Packages"の欄に"rmeta"が表示されれば、インストール完了。チェック欄にチェックするとロードされる。
5) Packagesパネルのrmetaをクリックすると、タブがHelpパネルに切り替わって、rmetaパッケージの一覧が表示される。
6) 2番目にある"cochrane"をクリックすると、その説明が表示され、スクロールして、Examplesの項目にある下記をコピーし、コンソールにペーストし、リターンキーを押すと…

data(cochrane)
steroid <- meta.MH(n.trt, n.ctrl, ev.trt, ev.ctrl,names=name, data=cochrane)
plot(steroid, col=meta.colors("RoyalBlue"))

7) 右下Plotsパネルにグラフが表示される。どこかで見たことがありませんか?Cochrane Collaborationのロゴに使われているグラフなのでした。


コピペしたおまじないの意味は追々と。たった3行でシンプルではあるが、これだけのグラフが描ける威力に感動してください。まさに三行革命!(お里が知れてしまう…)

Friday, August 19, 2011

医師用統計解析ソフトにRを勧める10の理由


日本R会の総本山Ripwikiに「Rを薦める100+の理由」というページがあるのにもかかわらず、自分なりにRを薦める理由についてまとめてみました。
  1. 無料。:したがって利益相反(Conflict of interest)が生じない、と言えば格好良いが、高価で高機能な有料ソフトを買っても年に数回の学会で、使う統計手法も限られている。コストパフォーマンスを考えると、無料であることは大きい。
  2. プラットフォームを選ばない。:Windows、MacOS X、Linux、いずれでも使える。無料であることと合わせると、転勤が多い職場では、ポータビリティが高い選択と言える。いきなり地方の診療所への転勤が決まっても、自分のパソコンに同じ環境が作れるし、海外、例えばWindows、MacOS Xが輸入できないキューバでも、CD1枚でPCと電気さえあれば発展途上国でも使える。
  3. オープンソースである。:思想的には、医師の正義原則にも通底するものがある。さらにオープンになっていることで、専門家の目に晒され、バグの修正や新しい知見の吸収が早くなっています。参考までに、ここにオープンソースでないと、こんなこともあるという話がエクセルを例にまとめられています。
  4. 高機能。:安かろう悪かろうってことはありません。重回帰、ロジスティック回帰、比例ハザード回帰、ANCOVA、二元配置以上の分散分析(ANOVA)を実行することもできます。(PRISMに対するあてつけ?
  5. 日本語の解説本が多数ある。:Amazonで"R"を検索するだけで、こんなに本が見つかります。上掲書に至っては、無料で草稿を公開するという大盤振る舞いです。
  6. 日本語の解説サイトが多数ある。:本を購入しなくても、ネット上で必要な情報が得られます。「R-Tips」とか、「Rによる統計処理」などがお勧め。
  7. 日本語のコミュニティがある。:本家は、Rjpwiki、2チャンネルにもスレがあります。Twitterでは、Tsukuba.R、Tokyo.R、Nagoya.R、Okinawa.R、Shiga.R、Osaka.Rなどの地域コミュニティのつぶやきが聞けます。
  8. 無数の拡張のためのパッケージがある。:疫学のパッケージ"epitools"とか綺麗なグラフを作るためのパッケージ"ggplot2"とかは、ごく1例。パッケージまでになると、ある程度英語での情報収集能力が要求されるかも。旬のパッケージは、"crantastic!"で分かる。("crantastic!"の名称は、Rの総本家、"CRAN"に由来する。)
  9. 英語の勉強になる。:話題のfacebookに"R blogger"というページがあり、Rについてのブログの投稿が集まっており、世界中のRユーザとの交流が出来る。
  10. 専門家の専門家のための専門家によるソフトである。:これは質を担保する長所でもあるが、同時に素人にとっては、唯一と言ってもいい(致命的な?)短所でもある。基本的にボタンを1つ押すと解析が出きるといったソフトではなく、コンソールから命令を打ち込んで操作しなければならない。しかし、GUI環境も充実してきており、例えばパッケージの"Rcmdr"やJavaによる"JGR"などが有名です。個人的には、最近登場した、"RStudio"がお気に入りです。いずれも、もちろん無料です。
要するに、無料で最高の統計解析環境が構築できるのですが、24~40時間をかけてRの基本的なことを学ばなければならないという手間をどう考えるかということです。その辺、医療経済の大前提と言われる"Cost, access, quality. Pick any two."と相通じるものがありそうです。

Wednesday, August 17, 2011

NEJM Audio Summary - Aug 11, 2011

0:54 Prevention of HIV-1 Infection with Early Antiretroviral Therapy 493-505
2:18 Antiretroviral Treatment as Prevention 561-562
3:12 Early versus Late Parenteral Nutrition in Critically Ill Adults 506-517
5:39 Intrapleural Use of Tissue Plasminogen Activator and DNase in Pleural Infection 518-526
呼吸器内科医さんのブログ参照:「胸腔内感染に対するt-PA+DNase胸腔内投与はドレナージを改善させる
7:15 Two Randomized Trials of Linaclotide for Chronic Constipation 527-536
8:37 Oxygen Sensing, Homeostasis, and Disease 537-547
10:27 Case 24-2011 — A 36-Year-Old Man with Headache, Memory Loss, and Confusion 549-559
12:00 Cancer Cachexia and Fat–Muscle Physiology 565-567
13:16 Fibrates in the Treatment of Dyslipidemias — Time for a Reassessment 481-484
14:41 Taking the Mystery out of “Mystery Shopper” Studies 484-486
16:19 Incomplete Care — On the Trail of Flaws in the System 486-488
青木眞先生のブログ参照:"Incomplete Care@NEJM"
17:54 Combination Drugs — Hype, Harm, and Hope 488-491
19:41 Warts of the Fingertips 548
20:25 Fixed Drug Eruption e12
21:38 Ending

Wednesday, August 10, 2011

NEJM Audio Summary - Aug 4, 2011

0:00 Introduction
0:45 Graphic Warnings for Cigarette Labels 393
1:18 Reduced Lung-Cancer Mortality with Low-Dose Computed Tomographic Screening 395-409
2:42 Better Evidence about Screening for Lung Cancer 455-457
3:39 Mutations in CYP24A1 and Idiopathic Infantile Hypercalcemia 410-421
4:54 Emergence of a New Pathogenic Ehrlichia Species, Wisconsin and Minnesota, 2009 422-429
6:01 Horse versus Rabbit Antithymocyte Globulin in Acquired Aplastic Anemia 430-438
7:38 Chronic Hypertension in Pregnancy 439-446
9:28 Looking at the Whole Picture 448-453
11:09 Assisted Reproduction — Canada's Supreme Court and the “Global Baby” 459-463
12:52 Developing the Nation's Biosimilars Program 385-388
14:34 Redesigning Employee Health Incentives — Lessons from Behavioral Economics 388-390
16:00 A Differentiation Diagnosis — Specialization and the Medical Student 391-393
17:38 “Thumb Sign” of Epiglottitis 447
18:20 Syphilitic Chancre of the Tongue e11
"tend to categorize"が「点滴手強い」に聞こえてしようがない。

【書評】英語を学ぶのは40歳からがいい

ダイエット本と英語本はハウツー本の双璧とされるそうだ。なかなか、成功しないから、市場が縮小しないのだろう。私ごとで言えば、ダイエットには成功したが、「村上式シンプル英語勉強法」には失敗した。もう手遅れではないかと諦めかけていたら、「40歳からがいい」なんて、やさしいお言葉のタイトルのこの本に惹かれた。
要旨は、簡単。以下の3つ。
  1. 音読すること:リエゾンと強勢が重要。
  2. 多読すること:興味の持てるものを重要箇所にアンダーラインを引きながら。
  3. 英語表現を覚えること

さらには、してはいけないことも3つ。
  1. 聞き流すのはだめ。
  2. 熟語集、単語集は使ってはだめ。
  3. TOEIC本を使ってはだめ。

要するに、自分の目的にあったテキストを多く音読しましょうということらしい。ネイティブのスピードでの音読で理解出きるならヒアリングも出来るようになるという寸法だ。和訳はせずに、分からない単語は勘を働かせ、どうしても必要なら英英辞典を引きましょうということだ。

今後は、NEJMのpodcastを聞き流すのではなく、せっかく雑誌も購読してるのだから、記事の音読もしてみようと思った次第。

これから老眼が進めば、論文を読むのが億劫になる。英語の聞き取りが出来れば、少しはヤブ化を遅らせることができるかもしれない。そして、生理的にこれが本当に最後の挑戦の機会になるかも。

Monday, August 8, 2011

Wikipediaでインフルエンザの流行を捉える


R-bloggersで"Visualising Wikipedia search statistics with R"という投稿があった。「Wikipediaでの検索ワードのトラフィックをグラフ化する関数を作ったよ」ということである。以前、NEJMで"Digital Disease Detection — Harnessing the Web for Public Health Surveillance"という記事があったことに思い至り、早速、関数の"en"を"ja"に変更したものをコピペして、検索語を「インフルエンザ」として走らせたが、エラー。私の環境では、下記のパッケージの追加が必要でした。

  • ggplot2
  • mondate
  • XML

RStudioを使うと、パッケージの追加もGUIで出きるので楽です。そんなこんなで出来たのが、下図。
2009年10月の突出したトラフィック数は何なのでしょう?

Sunday, August 7, 2011

Rのwordcloudパッケージ

crantastic!というRパッケージのサイトを見ていたら、wordcloudというのがあったのでインストールしてみた。ヘルプの例を実行した結果のいくつかは次の通り。ちょっとしたブックカバーのデザインとかにもなりそう。

Wednesday, August 3, 2011

NEJM Audio Summary - July 28, 2011


ランニングを昨年から始めて15kgの減量に成功。今後はライト級の維持が課題。しかし、NEJMのpodcastは一向に聴けるようにはならない。多分、集中して聴いていないからなのだろう。毎週木曜日にpodcastは更新されるので、1週間聴いた覚え書きを水曜日に投稿することにしたい。
2 型糖尿病を有する慢性腎臓病患者に対するバルドキソロンメチル
Bardoxolone Methyl in CKD with Type 2 Diabetes

2 型糖尿病と慢性腎臓病を有する成人を,バルドキソロンメチル 25 mg,75 mg,150 mg の 1 日 1 回投与かプラセボに割り付けた.バルドキソロンメチル投与は eGFR の改善に関連しており,この所見は 52 週の投与期間全体を通じて維持されていた.
"bardoxolone methyl" の"methyl"が、最初は「味噌」に聞こえた。繰り返し聴いても"method"に聞こえる。上掲本の第1法則「最後のLはウ」ですね。
血液製剤を拒否する癒着胎盤の妊娠女性
A Pregnant Woman with Placenta Accreta Who Declined Blood Products
今回の症例検討会は「福島県立大野病院産科医逮捕事件」(2006.2.18)を彷彿させる一例でした。"accreta"は、ほぼ癒着胎盤でしか出てこない単語ですが、"previa"に関しては、Toyota Estimaが、あちらでは、"Toyota Previa"の名称で販売されています。症例の方は無事出産退院できたようです、
ゲノム医学:微生物のゲノム
Genomic Medicine: Genomes of Microbes

ゲノム技術の進歩により,微生物の生態について,病原性か無害かを問わず理解が深まっている.この論文は,ゲノム情報が,微生物感染に対するわれわれの理解と対応に及ぼす計り知れない影響について論じている.
"genome"って、「ジェノム」だと思っていたので、「ジーノム」に戸惑った。それにしてもいい加減な発音のカタカナ英語がまかり通っていることも日本人のヒアリングの出来が悪いことの一因なような気がする。
高用量シンバスタチンの利益をミオパチーのリスクと比較検討する
Weighing the Benefits of High-Dose Simvastatin against the Risk of Myopathy
気づきませんでしたが、この記事はonline firstで公開されていたのですね。不勉強がバレてしまいます。
ソーシャルメディアと緊急時の準備対策
Social Media and Emergency-Preparedness Efforts

ソーシャルメディアにより,人々の情報伝達方法が,日常生活においても公衆衛生を脅かす災害時においても変化している.こうしたメディアに参加し利用することは,危機管理共同体の災害対応に役立つ可能性がある.
この記事で、"Ushahidi"のことを初めて知った。Wikipediaによると、ubuntu同様アフリカ発のオープンソースだそうだ。東日本大震災支援サイト"sinsai.info"もこれがベースになっているとのこと。正直、遺伝子の話よりは聴きやすかった。改めて、コンテキストの知識がヒアリングを左右することを実感した。あと、どうしても数字が出てくると、日本語で考えてしまって、その先の聞き取りに躓いてしまうのが課題。

Tuesday, August 2, 2011

Google Music betaを導入

最近は、Google ReaderとAndroid携帯のListenでpodcastを聴けていたので、あまりインテンスィヴもなかったのだが、ubuntuでも利用可能になったので、新しもの好きの血が騒ぎ、導入してみた。DRM制限のある曲以外は、iTunesのライブラリをそのままアップロードすることができる。最大のメリットは、導入時に付いてくるフリーの曲かな?Whitney Houstonとか、Bonnie Tylerとか、Europeの"Final Countdown"とか懐かしの曲、私の好きなShakiraの曲もある。Music Managerインストール時には、すべてのカテゴリーの曲を選んでおくとお得。お友達を2人招待できるようです。