Saturday, April 28, 2012

ubuntu 12.04 にインストールした10のソフト

正式な ubuntu 12.04 (Precise Pangolin)がリリースされました。 コードネームは、各バージョンで、「形容詞+動物名」の組み合わせになっており、今回は、"Pangolin"です。日本語名は、「センザンコウ(穿山甲)」といい、アルマジロのような動物のようです。"Pangolin Lion"で動画検索すればお分かりになるように、開発者の並々ならない野望が、そのコードネームに読み取ることができます。(もうWindowsは目じゃないよってことの宣言ともとれます。)
実際、Google Driveが発表になって、クラウド戦争に火が着いた様相を呈していますが、ubuntuの開発元Canonical社は、クラウドサービス "UbuntuOne" を、AppleやMicrosoftに先駆けて、提供を開始しています。今ではOSとの一体化、Android携帯のアプリ(UbuntuOne FilesUbuntuOne Music)との共有と抜きん出ています。(ポルトガル語ですが、各社サービスの比較の表がこちらにあります。)ただ、MacOSに対応していないので、個人的にはDropBoxを愛用しています。
  1. Google Chrome beta: 新しもの好きな私としては、β版をインストールしました。 
  2. mozc: Google日本語入力のオープンソース版。Ubuntuソフトウェアセンターから難なくインストール。 
  3. Dropbox: Ubuntuソフトウェアセンターから難なくインストール。Dropboxには、公式のものではないですが、USBメモリーにインストールできるものが、数種類存在します。これをインストールしたUSBメモリーを持ち歩くと、ネットにつながったPCさえあれば、Dropbox内のファイルにアクセスできるので非常に便利です。
  4. Synapticパッケージマネージャ: デフォから外されて久しいが、ソフトウェアセンターより速いのとリポジトリの管理のためにインストールしました。
  5. Gephi: ネットワークの視覚化ソフトウェア。英語版Wikipediaに記述があります。Synapticパッケージマネージャからレポジトリに"ppa:rockclimb/gephi-daily"を追加してインストール。 
  6. Inkscape: Adobe Illustratorのオータナティブ、もちろん無料。Ubuntuソフトウェアセンターから難なくインストール。
  7. AntConc: 早稲田大学Laurence Anthony先生が開発したConcordanceソフト、AntConc。以前は、MacBookAirで、大阪大学今尾康裕先生開発のCasualConcを利用させて頂いておりましたが、Linux版AntConcも最近のアップデートで見栄えがよくなったので、しばらく併用する形になりそう。
  8. PlayItSlowly + gPodder: ubuntuソフトウェアセンターから難なくインストール。mp3を聞くには、"ubuntu restricted extras"をubuntuソフトウェアセンターから追加。 gPodderのPreferencesを開いて、Edit configボタンを押して、"player"を"playitslowly %f"に設定する。
  9. Mendeley: ホームページからパッケージをダウンロードしてインストールしたが、何故か起動せず。 ググると、libqt4-svg と libqt4-webkit をインストールして、端末から "mendeleydesktop --force-system-qt"で、起動できるようになりました。
  10. R +  EZR on R Commander: まずは、UbuntuソフトウェアセンターからRcmdrをインストールすると、R本体も含めてインストールしてくれる。 そのうえで、自治医科大学附属さいたま医療センターの神田善信先生が開発した医療統計用に改良したEZRをインストールする。手順はこちら。下記のbashスクリプトで一気に実行しても良い。
#!/bin/sh
wget http://www.jichi.ac.jp/saitama-sct/SaitamaHP.files/file/EZR-LINUX.zip
unzip EZR-LINUX.zip
sudo mv Rcmdr-menus.txt StatMedLinux.R /usr/lib/R/site-library/Rcmdr/etc/
sudo mv R-Rcmdr.* /usr/lib/R/site-library/Rcmdr/po/ja/LC_MESSAGES/
R --no-save <
    update.packages(ask=FALSE, repos = 'http://cran.at.r-project.org')
    install.packages(c('cmprsk', 'meta', 'metatest', 'multcomp', 'mvtnorm', 'optmatch', 'pROC', 'epiR'), repos = "http://cran.at.r-project.org/")
RSCRIPT
exit 0
データをDropboxに退避させて、OSのクリーンインストールにかかった時間は、ここまで2時間程度。やろうと思えば、平日の夜にでも可能な手軽さ。Dropboxの同期は時間がかかるので後回しにして、寝る前にでも開始するのが、よろしそうだ。

Wednesday, April 25, 2012

NEJM Audio Summary - April 19, 2012

Excerpted Script
0'47"| "Comparative Effectiveness of Revascularization Strategies" by William  Weintraub, from Christiana Care Health System, Newark, Delaware
A large registry on percutaneous coronary intervention (PCI) and a large registry on coronary-artery bypass grafting (CABG) were linked to claims records, with data adjusted for propensity score, to compare clinical outcomes.  Among patients 65 years of age or older who had two-vessel or three-vessel coronary artery disease without acute myocardial infarction, 86,244 underwent CABG and 103,549 underwent PCI. The median follow-up period was 2.67 years. At 1 year, there was no significant difference in adjusted mortality between the groups (6.24% in the CABG group as compared with 6.55% in the PCI group). At 4 years, there was lower mortality with CABG than with PCI (16.4% vs. 20.8%). Similar results were noted in multiple subgroups and with the use of several different analytic methods. In this observational study, we found that, among older patients with multivessel coronary disease that did not require emergency treatment, there was a long-term survival advantage among patients who underwent CABG as compared with patients who underwent PCI.
2'21"|  Laura Mauri from Brigham and Women's Hospital, Boston, writes in the editorial that the validity of these findings rests largely on a determination of whether adequate control for confounding was possible.  As might be expected in a nonrandomized cohort, patients in the two treatment groups differed significantly with respect to age, sex, coexisting conditions, and urgency of treatment. Propensity scores (which were used to estimate the probability, on the basis of patient and hospital characteristics, that patients would be selected for CABG) were also quite divergent, indicating a strong selection bias. Even with the findings adjusted for propensity score, the authors state their conclusions cautiously, and they acknowledge the possibility of residual confounding.
内容については、六号通り診療所所長のブログの「心臓のバイパス手術とカテーテル治療の予後を比較する」をご参照ください。何故、一科学者でもあられる天皇陛下がCABGを選択されたかが理解できます。

Monday, April 23, 2012

サン・ジョルディの日

 今日は、サン・ジョルディの日。スペイン、カタルーニャ州の風習が起源である。詳しくは、「地中海ブログ」の記事を参照してください。そんな訳で、駅の本屋で「物語 カタルーニャの歴史―知られざる地中海帝国の興亡 (中公新書) 」を買って、車中で読もうと決めていた。残念ながら、目的の本は本屋には無く、カタルーニャ州の首都バルセロナに右の本を買ったのでした。表紙を繰ったページには、ロバート・ヒューズが板チョコと称したのも頷ける「Barcelona Souvenir 」の表紙の写真が掲載されていて、買いの決め手になりました。
 バルセロナは、札幌と同じくらいの人口で、函館と同緯度で、かつては五稜郭の要塞を有した街。そんな自分の郷土との共通点から漠然とした親近感を抱いてきたが、本書を読んで、それが余りに幼稚なロマンシズムであることを思い知らされた。板チョコの街並も、五稜郭も、カタロニア人にとっては、歴史の屈辱だったのですね。本書は、前半、建築家である著者ならではの「都市のかたち」という視点でバルセロナの歴史が描かれています。そして、後半は、サッカー、ビジネス、料理など多彩な話題が語られ、味もよし、量も3時間の旅程にちょうど良い一冊でした。

Wednesday, April 18, 2012

NEJM Audio Summary - April 12, 2012

Excerpted Script
8'23"| "A Randomized Trial of Rectal Indomethacin to Prevent Post-ERCP Pancreatitis", by B. Joseph Elmunzer, from University of Michigan Medical Center, Ann Arbor. This study involving 602 patients at increased risk for pancreatitis after endoscopic retrograde cholangiopancreatography (ERCP) evaluated the efficacy of prophylactic rectal indomethacin for the prevention of post-ERCP pancreatitis. The majority of patients (82%) had a clinical suspicion of sphincter of Oddi dysfunction. Post-ERCP pancreatitis developed in 9.2% patients in the indomethacin group and in 16.9% patients in the placebo group. Moderate-to-severe pancreatitis developed in 4.4% patients in the indomethacin group and in 8.8% patients in the placebo group. Among patients at high risk for post-ERCP pancreatitis, rectal indomethacin significantly reduced the incidence of the condition.
へー!!! NNT計算すると、100 / (16.9 - 8.8) = 12.345679 って話。

参考



Wednesday, April 11, 2012

NEJM Audio Summary - April 5, 2012

まずは、よい告知から。NEJMのiPadアップが発表されました。
0'59"| Thanks to a newly built software app, the Journal can now be downloaded and read in an issue format on the iPad. The NEJM iPad Edition is now available in the iTunes App Store at no charge. The app allows downloads of the full text of single issues, including figures and tables, beginning with the first issue of 2012. Individual subscribers to the Journal can log on to the new iPad app using the same username and password that they use at NEJM.org. We invite readers who use the iPad to try the new app. As always, feedback is welcome. 
NEJM読むためだけにでも、iPad買ってもいいかも。Android版については、ノーコメントですから。

次は、悪い告知(Cancer diagnosis)後に自殺や心血管死亡が増えるという論文。
6'56"| "Suicide and Cardiovascular Death after a Cancer Diagnosis" by Fang Fang. From Karolinska Institutet, Stockholm. Receiving a diagnosis of cancer is a traumatic experience that may trigger immediate adverse health consequences beyond the effects of the disease or treatment. This study of more than 6 million Swedes during 1991–2006 estimated the risk of death from suicide or cardiovascular diseases among all patients in whom cancer had recently been diagnosed. As compared with cancer-free persons, the relative risk of suicide among patients receiving a cancer diagnosis was 12.6 during the first week (29 patients) and 3.1 during the first year (260 patients). The relative risk of cardiovascular death after diagnosis was 5.6 during the first week (1318 patients) and 3.3 during the first 4 weeks (2641 patients). The risk elevations decreased rapidly during the first year after diagnosis. Increased risk was particularly prominent for cancers with a poor prognosis. In this large cohort study, patients who had recently received a cancer diagnosis had increased risks of both suicide and death from cardiovascular causes, as compared with cancer-free persons. 
 著者のFang Fangという先生、カロリンスカ研究所のプレスリリースを見ると、やはり東洋系の方のようだ。日本では、アングロサクソン風の告知が当たり前になってきたが、まだまだ中華圏やラテン文化圏では、告知率はそんなに高くはないという報告を読んだことがある。何でもかんでも告知するということに対して一石を投じる研究結果です。

Sunday, April 8, 2012

USBメモリーにインストールした6つのアプリ

車を売って空いたキーホルダーのスペースが寂しいので、鍵タイプのUSBメモリーを買った。実は、寂しさを埋める他にもう1つ理由がある。診療中、ネットに繋げ調べ物をする為のWindowsマシンがあるのだが、時間が空いたときなど私用でも使ってもいる。しかし、最近のブラウザは、種々の情報を溜め込むので、人様のPCでブラウザを使うのも何か不安が付きまとっていたのだ。 Portable Ubuntuをインストールして使おうと考えていた。しかし、実物が届き、5.5designersによる品物を目にすると、仮想化環境でOSまでインストールなんて野暮なことは気が引け、ブラウザと自宅パソコンとのデータの同期が出来れば充分じゃね?って考え直した。鍵型のUSBメモリーに鍵がないというのではシャレにならないけど、デフォで、セキュリティソフトが入っている。各国語で書かれたマニュアルを読みながら、暗号化フォルダを作成して、そこに下記のソフトをインストールした。
  • PortableApps.com Platform: 定番のソフトをポータブル化したもののインストールを容易にしてくれるプラットフォーム+ローンチャ。
  • Google Chrome Portable: 上記のソフトから簡単にインストール出来る。
  • Spybot Portable: ウイルス対策ソフト。これも上記プラットフォームからインストールは簡単。
  • Cool Player Portable: 軽い音楽プレーヤ。これも上記プラットフォームからインストール。
  • DropboxPortableAHK: Dropboxと同期してくれるソフト。リスク管理上とメモリの節約の意味で、「高度な設定」で共有が必要なフォルダに限って同期するようにしておく。MUSICフォルダなんかも共有すると仕事中のBGMも持ち運べますね。
  • R+EZR: 統計解析環境。EZRは、Rcmdrを医療統計用に改変したもので、開発者神田善伸教授による本「EZRでやさしく学ぶ統計学 」に詳しい。これで家に居場所がないお父さんもネット喫茶が書斎代わりになります^^ 
/EZR/etc/Rprofile.siteRをエディタなどで開き,最終行に下記を追加し保存すると、パッケージ導入時自動的に筑波ミラーからダウンロードされ、Rの起動でEZRが立ち上がるようになります。
options(repos="http://cran.md.tsukuba.ac.jp")
library(Rcmdr)
あと、Chromeの機能拡張として"Writebox"をインストールしておくと、Chromeがエディタ代わりになり、文書はDropboxに保存してくれる。さらに、"Ajax IME: Web-based Japanese Input Method"をブックマークしておけば、海外のネット喫茶で日本語環境がなくとも、日本語入力が可能になる。

Wednesday, April 4, 2012

NEJM Audio Summary - March 29, 2012

Excerpted Script
7'44"| "Lifestyle Change and Mobility in Obese Adults with Type 2 Diabetes" by  W. Jack Rejeski, from Wake Forest University, Winston-Salem, North Carolina.
This trial investigated whether an intensive lifestyle intervention to produce weight loss and increased fitness would slow loss of mobility among obese patients with type 2 diabetes.  At year 4, among 2514 adults in the lifestyle-intervention group, 20.6% had severe disability and 38.5% had good mobility; the numbers among 2502 participants in the support group were 26.2% and 31.9%, respectively. The lifestyle-intervention group had a relative reduction of 48% in the risk of loss of mobility, as compared with the support group. Both weight loss and improved fitness (as assessed on treadmill testing) were significant mediators of this effect. Adverse events that were related to the lifestyle intervention included a slightly higher frequency of musculoskeletal symptoms at one year. Weight loss and improved fitness slowed the decline in mobility in overweight adults with type 2 diabetes.
雨で雪もだいぶ解けたことだし、そろそろジョギング再開ですね。

Tuesday, April 3, 2012

ネットワーク可視化ソフトウェアGephiの覚書

Gephiとは、ソーシャルネットワークグラフを描くためのソフトウェアで、さらには、リアルタイムでインタラクティブにグラフを操作して、ネットワークの構造を直感的に把握することができます。先日、バージョン0.8.1 betaがリリースされました。

百聞は一見に如かず、フランスの Matthieu Totetさんが作成した漢字のネットワークグラフ(但し大陸で使用される簡体字)を見ていただくと、一目瞭然かと。こんなグラフが、自宅のパソコンのマウス操作だけで作ることが出来るのです。何より無料、さらには、Windowsの他、MacやLinuxのプラットフォームにも対応し、英語の他にチェコ語、スペイン語、フランス語、ブラジル・ポルトガル語、ロシア語、中国語(普通話)、日本語にロカリゼーションされています。(日本語は、ひょんな縁で開発者から連絡を頂き、門外漢の私が拙訳を致しました。誤訳も多いと思うので、コメントでご指摘頂けると嬉しいです。)

いくらマウス操作だけでグラフが作れるといっても、最低限のボタンやパネルなどの使い方を覚えなければなりません。まずは、起動時に表示されるサンプルデータ"LesMiserables.gexf"というヴィクトル・ユーゴーの大河小説「レ・ミゼラブル」の登場人物の相関関係のデータを読み込んでみてください。あとは、「Gephiチュートリアルクイックスタート」のスライドを見ながら通り一遍、自分で操作してみると飲み込みが速いと思います。

先に進みたい方は、下のサイトを参照してみてください。徐々に日本語の情報も増えつつあります。
  1. Gephiの総本山(英語)
  2. GephiのFacebookのグループ
  3. あしたのオープンソース研究所による上記の和訳
さらに情報のアップデートには下記をフィードリーダに登録することをお勧めします。
  1. Gephiのブログ
  2. YouTubeでの"Gephi"の検索結果のRSS
  3. Twitterでの"Gephi"の検索結果のRSS
手っ取り早く、自分で用意したデータを読み込ませてみたい向きには、Gephiのサイトの和訳にある「サポートされているグラフ形式」に、まず目を通しておくとよいでしょう。

時間があれば、ネットワーク・サイエンスとは何か、本を読むのもよいでしょう。上に紹介したものは、理論的なことを簡潔に、実生活にどのように生かせるかということまで書いた画期的な新書で、お勧めです。ただ、歴史的なこと、理論的なことになると、ちょっと物足りないので、Gephi Storeで勧められている本のうち、和訳のあるものを挙げておきます。

Gephiのロゴがかっこいいので、シャツとか、帽子とかが欲しいという方は、それあるよ

Monday, April 2, 2012

歴史は繰り返すか?

スペインの歴史学者、Ramón Menéndez Pidalは、著作"Introducción a la Historia de España(スペイン史入門)"を、"Los hechos de la Historia no se repiten, pero el hombre que realiza la Historia es siempre el mismo."(歴史上の事件は繰り返すことはないが、ただ歴史を作る人間がいつも同じだけなのである。)というフレーズで始めている。それを実感する出来事がある。

1989年世界中でブラジル北東部のフォホーというダンス音楽に起源をもつ「ランバダ」が世界を席巻した。その翌年には、「ランバダ/青春に燃えて」という映画にブレイク前のジェニファー・ロペスが出演している。それから21年、JLoは、Pitbullとともに「ランバダ」をアレンジした "Ven a bailar (On the floor)"をヒットさせ、これまた、ブラジル北東部のフォホーがオリジナルの"Ai se eu te pego"という曲が昨年末から今年にかけ、ヨーロッパのヒットチャートを賑わせているのだ。各国語に訳されてカバーされたりもしている。しかし、ランバダとは異なり、ゆったりとした曲調で、振りも何か日本のパラパラ風。歌い手のMichel Telóさんの何となく母性本能をくすぐりそうな風体とか、ロナウドとかがゴールを決めたときに踊ったりしたのが効いたのかもしれないが、何か世界中で共有する時代の空気というものも感じるのである。

1989年は、バブル景気もピークを過ぎ、昭和天皇が崩御され、ベルリンの壁が崩れた年であった。そして、昨年はアラブの民主化運動があり、グローバル主義の聖地ウォール街では、Occupy Wall Street (OWS)があった。そんな時代の転換点に、曲想が異なるブラジルの地方の音楽が世界的に流行する奇遇が面白いなと思った次第。

敢えてここではアルゼンチンのラップ歌手Feiceが歌うバージョンを貼っておく。